متن کامل زندگینامه منتشر نشده رهبر انقلاب
به گزارش بصیر به نقل از فرهنگ نیوز ، آیتالله العظمی سیدعلی خامنه‌ای در سال ۲۹ فروردین ماه ۱۳۱۸ چشم به جهان گشوده است. زندگی معظم‌له به سه بخش، مبارزات انقلابی قبل از انقلاب اسلامی، دوران خدمت و حضور در عرصه‌های سیاسی پس از انقلاب و دوران زعامت ایشان تقسیم می‌شود.
آنچه در ذیل می‌خوانید، متن کامل زندگینامه منتشر نشده حضرت آیتالله العظمی امام سیدعلی خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی است:
(از ۲۹ فروردین ۱۳۱۸/ ۲۸ صفر ۱۹/۱۳۵۸ آوریل ۱۹۳۹)، فرزند آیتالله سیدجواد و دومین رهبر انقلاب اسلامی ایران.
وی در خانوادهای روحانی در مشهد زاده شد. جد اعلای او سیدمحمد حسینی تفرشی نسب به سادات افطسی می‌رساند.
شجره وی به سلطان‌العلماء احمد، معروف به سلطان سیداحمد می‌رسد که با ۵ واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)، است.
جدش سیدحسین خامنه‌ای (ح ۱۲۵۹- ۲۰ ربیع‌الآخر ۱۳۲۵ ق) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد استادان بزرگی چون سیدحسین کوه کمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی دانش آموخت و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزه علمیه نجت، در زمره فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت.
او در ۱۳۱۶ ق به تبریز آمد (آقابزرگ، ۶۴۰/۲) و مدرس مدرسه طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد (گلشن…، ۹۷۱/۲).
سیدحسین دارای افکار بلند سیاسی و اجتماعی، و از علمای طرفدار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق می‌کرد (آرشیو مرکز اسناد…، شم ۱۲۲۵).
برخی از آثار علمی وی از جمله حاشیه بر کتاب‌های ریاض‌المسائل، قوانین‌الاصول، مکاسب شیخ انصاری، فوائدالاصول و شرح لمعه وقف کتابخانه حسینیه شوشتری نجف شد (آقابزرگ، همانجا).
شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود (کسروی، ۹۲).
سیدمحمد خامنه‌ای (۱۲۹۳ ق، نجف- شعبان ۱۳۵۳، نجف) مشهور به پیغمبر (بهبودی، ۱۲)، عموی آیتالله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرفدار مشروطه به شمار می‌رفت (آقابزرگ، ۶، مقدمه، ۱۳).
پدر آیتالله خامنه‌ای سیدجواد خامنه‌ای (۲۰ جمادی‌الآخر ۱۳۱۳، نجف/۱۶ آذر ۱۲۷۴، ۱۴تیر ۱۳۶۵) از علما و مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده‌اش به تبریز آمد.
پس از اتمام دوره سطح، در حدود سال ۱۳۳۶ ق به مشهد مهاجرت کرد (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و در فقه و اصول از محضر بزرگانی همچون حاج آقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (کفائی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهره‌مند گردید (شریف، ۱۲۷/۷-۱۲۹؛ زنگنه۱۳۲/۱).
سپس در ۱۳۴۵ ق به نجف رفت و از حوزه درس میرزا محمدحسین نائینی، سیدابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی کسب فیض کرد و از ۳ نفر یاد شده اجازه اجتهاد گرفت (شریف، ۱۲۷/۷؛ آرشیو مرکز اسناد، همانجا).
او در پی تصمیم بازگشت به ایران، راهی مشهد شد و در آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیهای بازار مشهد (مسجد آذربایجانیها) را عهده‌دار گردید. (بهبودی، ۱۵)
او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود (زنگنه، ۷۷٫ ۱). وی علاقه زیادی به مطالعه داشت. مباحثات علمی روزانه وی با هم‌ردیفان از جمله حاج میرزا حسین عبایی، حاج سید علی‌اکبر خویی، حاج میرزا حبیب ملکی و… ده‌ها سال ادامه داشت.
همچنین وی فردی پرهیزگار و بی‌توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت (گلشن، همانجا). پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانه خود ادامه داد.
به دلیل بهره‌مندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. او در ۱۴ تیر ۱۳۶۵ درگذشت و در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاک سپرده شد (زنگنه، همانجا).
امام خمینی (ره) در پیام تسلیتی به آیتالله خامنه‌ای به مناسبت فوت پدرش، آیتالله سیدجواد خامنه‌ای را عالمی باتقوا و متعهد برشمرد (صحیفه…، ۷۱/۲۰).
بانو میردامادی (۱۲۹۳-۱۳۶۸ش)، مادر آیت الله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آمر به معروف و ناهی از منکر، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود.
او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی بسیار صبور و با فرزندان مبارزش، به ویژه آیتالله خامنه‌ای همگام بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ۱۲۲۶).
آیتالله سیدهاشم نجف‌آبادی (میردامادی) (۱۳۰۳-۱۳۸۰ ق)، جد مادری آیتالله خامنه‌ای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوند خراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمه جماعت مسجد گوهرشاد بود (آقابزرگ، ۵۵۹/۲) و در عین حال به امر به معروف و نهی از منکر اهتمام ویژه‌ای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دوره رضاشاه، به سمنان تبعید شد (تاریخ علما…، ۳۰۸؛ قاسم‌پور، ۶۰) .
آیتالله خامنه‌ای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (ع) نسب می‌رساند (زنگنه، ۴۵۸/۱).
شخصیت علمی و فرهنگی
۱٫ تحصیل و تدریس:
سیدعلی خامنه‌ای تحصیل را در چهارسالگی از مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن‌کریم شروع کرد.
دوره دبستان را در نخستین مدرسه اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۵).
در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان مشهد شروع کرد (بهبودی، ۴۹).
همزمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز نمود.
شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دوره دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را درمدرسه سلیمان خان ادامه دهد.
وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسه نواب رفت و دوره سطح را در آن به پایان برد. همزان با تحصیلات حوزوی دوره دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۶).
وی معالم‌الاصول را نزد آیتالله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا محمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت.
در ۱۳۳۴ ش، در درس خارج فقه آیتالله سیدمحمد هادی میلانی حاضر شد. وی در ۱۳۳۶ ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف رفت و در دروس مدرسان بنام حوزه علمیه نجف، از جمله آیات سیدمحسن حکیم، سیدابوالقاسم خویی، سیدمحمود شاهرودی، میرزا باقرزنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت (آرشیو مرکز اسناد، همانجا) و یک سال دیگر در درس آیتالله میلانی حاضر شد.سپس در ۱۳۳۷ ش به شوق ادامه تحصیل عازم حوزه علمیه قم گردید (بهبودی، ۷۸). در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیتالله محمدهادی میلانی به وی اجازه روایت داده بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۳۲).
سیدعلی خامنه‌ای در قم نزد بزرگانی چون آیات حاج آقا حسین بروجردی، امام‌خمینی، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه‌طباطبایی علم آموخت (همان، شمـ ۱۲۲۷).
در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند. آیتالله خامنه‌ای در سال ۱۳۴۳ ش به دلیل عارضه بینایی پدر و برای کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیتالله میلانی حضور یافت که تا ۱۳۴۹ ش ادامه داشت.
او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت.
در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به ویژه دانشجویان حضور پیدا می‌کردند. (همان، شمـ ۱۲۲۸). او در جلسات تفسیر خود، مهم‌ترین پایه‌های فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان می‌نمود و به تعمیق بنیان‌های اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت می‌پرداخت به صورتی که شرکت کننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی می‌رسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد.
یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود. از ۱۳۴۷ ش درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا ۱۳۵۶ ش و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت (خامنه‌ای، جمـ).
جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست‌جمهوری و پس از آن ادامه داشت. آیتالله خامنه‌ای از ۱۳۶۹ ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص و مکاسب محرمه پرداخته است. این درس هم‌اکنون نیز ادامه دارد.
آیتالله خامنه‌ای دستی در ادبیات دارد و با سبک‌های ادبی آشناست و نثر وی دارای سبک است و از دوران کودکی تاکنون به مطالعه رمان و داستان علاقه‌مند بوده و بسیاری از رمان‌ها و داستان‌های معتبر دنیا را مطالعه کرده است.
این علاقه با مطالعه رمان‌ها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد.
او حتی به نقد کتاب‌های ادبی و شعر هم می‌پردازد. آیتالله خامنه‌ای با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود. در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمن‌های ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل می‌شد، شرکت می‌کرد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۷) و به نقد شعر می‌پرداخت.
خود نیز اشعاری سروده و در سالهای اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعه کتب معتبر تاریخی بخش دیگری از برنامه مطالعاتی دائمی ایشان است، به طوری که به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند (تداوم…، ۲۱).
۲٫ آثار:
آیتالله خامنه‌ای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرد و تقریرات دروس استادان خود را نگاشت (آرشیو مرکز اسناد، شمـ۱۲۲۸) و به ترجمه چند اثر نیز همت گماشت.
در دوران قبل از پیروزی انقلاب اسلامی، این کتاب‌ها را تألیف کرد:
۱٫ چهار کتاب اصلی علم رجال
۲٫ طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن
۳٫ پیشوای صادق
۴٫ از ژرفای نماز
۵٫ صبر
۶٫ روح توحید نفی عبودیت غیرخدا
۷٫ گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه قم
در همان دوره این کتاب‌ها را نیز پس از افزودن تحقیقات خود به آنها، ترجمه و منتشر کرد:
۱٫ آینده در قلمرو اسلام، نوشته سید قطب
۲٫ صلح امام حسن (ع): پرشکوه‌ترین نرمش قهرمانانه تاریخ، نوشته شیخ راضی آل‌یاسین
۳٫ تفسیر فی ظلال القرآن، نوشته سید قطب
۴٫ مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشته عبدالمنعم النمر
۵٫ ادعانامه علیه تمدن غرب.
افزون بر اینها، بسیاری از آراء و اندیشه‌های آیت الله خامنه‌ای که در گفتار‌ها و نوشتارهای ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه و مصاحبه منعکس شده است، به صورت کتاب و نرم‌افزار با عناوین گوناگون و به صورت موضوعی منتشر گردیده و برخی از آنها نیز به زبان‌های دیگر ترجمه شده است.
همچنین پایان‌نامه‌ها، رساله‌ها، مقالات و کتاب‌های گوناگونی ناظر به افکار و اندیشه‌های ایشان تألیف و تدوین شده است؛ نیز بخشی از مجموعه بیانات و مکتوبات ایشان در دوره رهبری با عنوان حدیث ولایت منتشر گردیده است.
حیات سیاسی و اجتماعی:
پیشینه فعالیت‌های سیاسی- مذهبی خاندان آیتالله خامنه‌ای، در او زمینه تربیتی برای مبارزه سیاسی- مذهبی فراهم آورده بود.
نقطه آغازین ورود به فعالیت‌های سیاسی، دیدار او با سید مجتبی نواب‌صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقه‌های انقلابی را در وی پدید آورد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۲۲۶).
نخستین دیدار وی با امام‌خمینی در ۱۳۳۶ ش صورت گرفت، اما چهره سیاسی امام‌خمینی برای اولین بار در جریان لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد (همان، شمـ ۱۲۲۸).
آیتالله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام‌خمینی در ۱۳۴۱ ش وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد و جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره قبل از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ آغاز کرد (همان، شمـ ۱۱۹).
در بهمن ۱۳۴۱ پس از همه‌پرسی لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، آیتالله خامنه‌ای و برادرش سیدمحمد مأمور رساندن گزارش آیتالله محمدهادی میلانی به امام‌خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه‌پرسی شدند (جلالی، ۱۴۸).
در ۱۳۴۲ش و در آستانه ماه محرم، امام‌خمینی وی را مأمور ساخت پیام‌هایی را به آیتالله میلانی و علما، روحانیون و هیئت‌های مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه‌سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ ۱۲۲۹-۱۲۳۱).
امام‌خمینی در این پیام‌ها خط مشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعه مدرسه فیضیه را روز هفتم محرم در منابر خوانده شود (باقری، ۱۳۱۲).
آیتالله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط مشی امام‌خمینی راهی بیرجند- که تحت نفوذ خاندان علم بود- شد و در منابر و مجالس آن شهر درباره حادثه مدرسه فیضیه و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد (بهبودی، ۱۲۹-۱۳۴).
به دنبال این سخنرانی‌ها، وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ ش/۷محرم ۱۳۸۳ ق دستگیر و در مشهد زندانی شد (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ ۶۱۴، ۱۲۳۱-۱۲۳۲).
پس از آزادی وی، آیتالله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد (همان، شمـ ۱۲۳۳) و آیتالله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیتالله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام‌خمینی- که در حصر به سر می‌برد- تشکیل می‌شد، فعالیت‌های سیاسی‌اش را تداوم بخشید (جلالی، ۲۰۵).
اندکی پس از آن به حوزه علمیه قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی از روحانیون مبارز به سازماندهی مجدد فعالیت‌های سیاسی از طریق برگزری جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت (بهبودی، ۱۵۶-۱۵۷).
او از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به آیتالله سیدمحمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی که در حمایت از امام‌خمینی زندانی شده بودند، فرستاد (یاران امام…، طالقانی، ۱/۴۶۸).
در همان زمان طلاب خراسانی حوزه علمیه قم با هدایت او، در اعتراض به ادامه حصر امام‌خمینی نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت نوشته و منتشر کردند که از جمله آنها خود وی و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند. (امام…، ۳۹۲/۴)
آیتالله خامنه‌ای در بهمن ۱۳۴۲ مقارن با رمضان ۱۳۸۰ برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد (بهبودی، ۱۶۲-۱۶۶).
سخنرانی‌های او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را برآن داشت که او را دستگیر و به زندان قزل‌قلعه- که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود- منتقل نماید. (آرشیو مرکزی اسناد، شمـ ۱۲۳۴).
در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ قرار بازداشت آیتالله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه قضایی تهران تبدیل و وی از زندان آزاد شد (بهبودی، ۱۸۷).
از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیت‌های وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
آیتالله خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ ش از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیت‌های علمی و سیاسی پرداخت (همان، ۱۹۲-۱۹۵) .
او در زمره روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام‌خمینی به ترکیه با نگارش نامه‌ای به دولت وقت- دولت امیرعباس هویدا- در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام‌خمینی اعتراض کردند (اسناد انقلاب، ۱۲۸/۳-۱۳۰).
وی به همراه کسانی چون عبدالرحیم ربانی شیرازی، محمد حسینی بهشتی، علی فیض مشکینی، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی‌رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی (هاشمی، دوران…، ۱۵۶۶/۲).
اعضای “گروه یازده نفر” بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه علمیه قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت.
مبارزه بر منبای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن می‌شد و روحانیون نیز به منزله بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که با نبود تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود.
این گروه در دوران تبعید امام‌خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به عنوان اولین تشکیلات سری حوزه علمیه قم یاد می‌شود.
فعالیت این گروه در اواخر سال ۱۳۴۵ ش توسط ساواک کشف شد و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر از جمله آیتالله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند (یاران امام، قدوسی، ۸۶-۸۷؛ همان، ربانی، ۶۰-۶۹).
آیتالله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است (آینده در…، سراسر اثر).
ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد، اما موفق به دستگیری و بازداشت آیتالله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد (بهبودی، ۲۳۵-۲۳۸).
آیتالله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود، اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضدرژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد.
در مسجد امیرالمومنین تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت. در پی دستگیری و تبعید آیتالله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضدرژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیتالله خامنه‌ای از آیتالله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند (یاران امام، میلانی، ۵/۳-۷).
این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه آیتالله شیخ مجتبی قزوینی وی را دستگیر کنند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۶۱۴) و او در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد (همان، شمـ ۵۷۴). اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. (بازرگان، ۴۲۲-۴۲۳).
آیتالله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزان در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به آنان و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزان و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصا بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادی گرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام‌خمینی پرداخت و به رغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت.
نگاه چند بعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام‌خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت وی بوده است.
در پی وقوع زمین لرزه ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیتالله خامنه‌ای با هدف امداد و ساماندهی کمک‌های مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند.
این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبرو شد، اما گروه امداد اقدامات موثری در کمک‌رسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دو ماهه آیت الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئت‌های مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند.
این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۶۱۴).
او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام‌خمینی (ره) اقدام کرد، اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود (بهبودی، ۳۰۴).
آیتالله خامنه‌ای به اتهام عضویت در “گروه یازده نفر” به ۶ ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه کیهان و احضار آیتالله خامنه‌ای به دادگاه تجدیدنظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری کرد (یاران امام، هاشمی‌نژاد، ۲۴۸-۲۴۹).
او با آنکه تحت پیگرد بود، با برخی از روحانیون مبارز از جمله سیدمحمود طالقانی، سید محمدرضاسعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی‌رفسنجانی و فضل‌الله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت (یاران امام، سعیدی، ۲۴۸؛ همان، طالقانی،۴۹۷/۲؛همان، مهدوی، ۱۴؛ همان، محلاتی،۵۲۱/۱؛ همان، باهنر، ۳۵۵).
او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام می‌کرد (همان، سعیدی، ۳۶۳؛ همان، مهدوی، ۱۱۴).
آیتالله خامنه‌ای با نگاه اعتقادی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم بر آن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد.
او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای قشرهای مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی- اعتقادی آنان را تقویت نماید.
او معتقد بود که تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوشش‌های فرهنگی ممکن است و خیزش‌های مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد.
در آن دوران جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاه‌ها تلقی می‌شد. او این رویکرد را در واکنش به فعالیت‌های جریان‌های سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی ضروری می‌دانست.
در این زمینه فعالیت‌های علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفرکان اسلامی در ۱۳۴۸ ش برگزار کرد (بهبودی، ۳۲۶-۳۲۷).
آیتالله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانون‌های روشنفکری مشهور در عرصه مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت.
وی در ۱۳۴۸ ش به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانی‌هایی در برخی مراکز فعال سیاسی اسلامی در تهران از جمله حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد. (همان، ۳۳۱-۳۳۲، ۴۷۰-۴۷۱)
سخنرانی‌های وی در حسینیه ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ ش و به دنبال دعوت آیتالله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجود الجواد تهران به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت (جودکی، ۲۳؛ یاران امام، هاشمی‌نژاد، ۳۰۶-۳۰۷).
آیتالله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ ش در جهت عمق بخشیدن به نهضت اسلامی و تقویت بن مایه‌های اعتقادی مبارزه با رژیم پهلوی سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سیدمحمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله جلسات به تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید (فارسی، ۲۱۵).
با درگذشت آیتالله سیدمحسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیتالله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیتالله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیتالله حکیم و ارسال پیام‌های تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام‌خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد.
در همان ایام و به دنبال شهادت آیتالله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین مرجعیت امام‌خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنش‌های مردمی در اعترض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد.
بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام‌خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۱۳۰-۱۸۳؛ یاران امام، سعیدی، ۳۲٫ ۱).
به دنبال آن و با گسترش دامنه اعتراضات و مبارزات (همان، میلانی، ۴۲۳٫ ۳-۴۲۴) ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ وی را دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان- تنها زندان امنیتی مشهد- بازداشت کرد (تقویم…، ۲۲۵).
در محرم ۱۳۹۱/اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیتالله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود، وی سخنرانی‌هایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد. (یاران امام، باهنر، ۵۲۰-۵۲۱، هاشمی، دوران، ۱۱۳۴٫ ۲-۱۱۳۵)
در پی تحریم جشن‌های ۲۵۰۰ ساله از سوی امام‌خمینی (صحیفه، ۳۵۸٫ ۲-۳۷۳) ساواک مراقبت‌های شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت.
بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد (آرشیو مرکز اسناد، ۱۲۳، ۶۱۴).
او پس از آزادی، فعالیت‌های خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید و دیگری در ۲۱ آذر که به اتهام اقدام بر ضدامنیت داخلی به ۳ ماه حبس محکوم گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۶۱۴).
وی پس از آزادی فعالیت‌های سیاسی و اجتماعی خود را گسترش داد و بار‌ها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانی‌هایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد.
جلسات درس و تفسیر او در مدرسه میرزا جعفر و مسجد امام حسن و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت.
مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروه‌هایی از قشرهای مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعد‌ها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند.
گزارش‌های جلسات سخنرانی و درس او بار‌ها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیتالله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام‌خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند (استاد…، ۲۱۸، ایران امام، میلانی، ۵۹۰٫ ۳).
آیتالله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله جلسات درس اصول عقاید را که هفته‌ای یک بار در روزهای سه شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۲، ۶۱۴).
در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیر وی در مسجد امام حسن و منزلش را تعطیل کرد (همان، شمـ ۵۷۲، ۵۷۳ و ۶۱۴).
آیتالله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه نمازجماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یاد شده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جواب تبدیل کرد (همان، شمـ ۶۱۴).
ساواک مشهد در واکنش به فعالیت‌های سیاسی گسترده او، او را از اقامه نمازجماعت در آن مسجد باز داشت (یاران امام، مطهری، ۴۵۵؛ آرشیو مرکز اسناد شمـ۵۷۳).
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیتالله محمد مفتح، امام‌جماعت مسجد جاوید تهران که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخرانی پرداخت.
در پی آن ساواک به دستگیری آیتالله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانون‌های مهم مبارزه اقدام کرد (نیکبخت، ۴۰۸).
به دنبال آن منزل آیتالله خامنه‌ای هم در آذرماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره ضرورت ایجاد جمعیتی برای ساماندهی مبارزه و استفاده از فرصت‌ها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۳).
در نهایت آیتالله خامنه‌ای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید (همان، شمـ ۵۲۷، ۵۷۴، ۶۱۴) و به گفته خود، دشوار‌ترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد.
او در حبس، اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود (همان، شمـ ۵۷۵).
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه نمازجماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود (همان، شمـ ۳۰۴، ۳۸۹، ۵۷۵)، اما او به رغم همه محدودیت‌های سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیت‌ها و اقدامات روشنگرانه انقلابی خود را به صورت مخفیانه پی گرفت و پرداخت شهریه امام‌خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد. (همان، شمـ ۵۷۲، ۵۷۶)
در اواخر سال ۱۳۵۴ ش مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد.
او در خرداد ۱۳۵۵ به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمک‌رسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه عوضیه آن شهر به امدادرسانی پرداختند. (همان، شمـ ۳۸۹).
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره فعالیت‌های سیاسی آیتالله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ ش در مشهد وجود دارد که به طرفداری از امام‌خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداختند.
آیتالله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/ دی ۱۳۵۵ سخنرانی‌هایی بر ضدرژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله جلسات مباحثه درباره تبیین فضای فکری- فرهنگی، به ویژه برای دانشجویان و جوانان (گفت‌وگوی چهارجانبه، سراسر اثر) و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید (یاران امام، مفتح، ۳۴۰؛ استاد، ۲۷۷).
از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی بر ضد او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۸۳). به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیتالله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم تحریم وی حضور یافت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۳۸۹، ۵۷۲).
به دنبال درگذشت آیتالله سیدمصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف، آیتالله خامنه‌ای و برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کردند. (همانجا)
در همان ایام نیز همراه با عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام‌خمینی در نجف مخابره نمودند. (امام، ۵۲٫ ۶)
با درگذشت آیتالله سیدمصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله نهایی خود شد و حرکت‌های جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیت‌ها، به رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیت‌های مبارزان را محدود‌تر کرد به دنبال اجرای این سیاست برخی از مبارزان را محدود‌تر کرد به دنبال اجرای انی سیاست، برخی از مبارزان سر‌شناس به تبعید محکوم شدند که آیتالله خامنه‌ای هم در زمره آنان بود.
او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به ۳ سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید (آرشیو مرکز اسناد، شمـ۵۷۶) و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ به منزلش یورش برده و او را دستگیر کرند و به ایرانشهر انتقال دادند.
هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری بر ضد حکومت بود. (انقلاب، ۲۶۳٫ ۱؛ یاران امام، مطهری، ۵۷۵)
اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردن ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصت‌ها پیام انقلاب را به مردم دور‌ترین نقاط کشور رساند. (انقلاب، ۳۲۶٫ ۲، ۵۱٫ ۱۰)
سخنرانی‌های او در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و قشرهای مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیت‌های او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به عمل آورند. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۶؛ اسناد نهضت…، ۲۳۴٫ ۹-۲۳۵).
او در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیتالله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه مبارزه، یاد شهدای آن حدثه را گرامی داشت. (یاران امام، صدوقی، ۱۲۸-۱۳۱)
این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۶).
وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر ۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیتالله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده دار شود.
وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمک‌های مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل زده‌ها تقسیم کند. (همانجا)
آیتالله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخداد‌ها قرار می‌گرفت و با نامه نگاری‌های گوناگون در بسیاری از تصمیم‌گیری‌های جمعی علما مشارکت می‌کرد.
با اوج گیری انقلاب اسلامی در آستانه ماه رمضان (در ۲۸ شعبان ۱۳۹۸ق/۲۸ تیر ۱۳۵۷ش) شماری از طلاب حوزه علمیه مشهد به تبعید آیتالله خامنه‌ای اعتراض کردند و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید.
گسترش فعالیت‌های انقلابی و مردمی آیتالله خامنه‌ای در راستای جهت‌دهی و ساماندهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان قشرهای مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده‌تر و دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. از این رو، وی در ۲۲ مرداد به جیرفت انتقال یافت. (همان، شمـ ۱۰۲)
مبارزات سیاسی آیتالله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری بر ضد حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانی‌ها که در ۱۵ شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد. (همان، شمـ۱۱۱).
این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود.
او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامه‌ای به آیتالله سید عبدالحسین دستغیب ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم، راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه کردند. (اسناد انقلاب، ۳۴۸٫ ۳-۳۵۷)
وی در این دوره مخفیانه عازم کهنوج شد وسخنرانی‌های افشاگرانه‌ای ایراد کرد. (آرشیو موسسه،… شمـ ۱۸۸۹).
با گسترش مبارزات مردمی و از هم گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیتالله خامنه‌ای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیت‌های خود را در امر ساماندهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۵۷۶)
در ایام اقامت امام‌خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه مبارزه صادر کنند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام‌خمینی به ایران شدند. (اسناد انقلاب، ۴۰۲٫ ۳؛ آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۲۰۹).
فعالیت‌های مبارزاتی آیتالله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازماندهی حرکت‌ها و تظاهرات مردمی، سخنرانی‌های افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد. (انقلاب، ۱۹۲٫ ۱۴، ۴۷۲)
در عین حال، با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سیداحمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیتالله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام‌خمینی برای ملاقات با وی و آیتالله خامنه‌ای را اعلام کرد. (امام، ۶۰۳٫ ۷؛ یاران امام، صدوقی، ۴۳۱)
آیتالله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعد آباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام‌خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد. (آرشیو مرکز اسناد، شمـ ۳۸۹-۵۷۲)
او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستان‌های قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهر‌ها همت گماشت.
فعالیت‌های روز افزون و تأثیرگذار آیتالله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارش‌های ساواک از آیتالله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده است. (همان، شمـ ۳۸۹).
وی در ۱۹ و ۲۰ آذر ۱۳۵۷ همزمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راهپیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه شب عاشورا را در حرم مطهر امام رضا (ع) به نام امام‌خمینی خواند و با این اقدام انقلاب تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا می‌کرد، در هم شکست. (همان، شمـ ۵۷۲؛ آرشیو موسسه، شمـ ۱۹۲۱)
همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را ساماندهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت. (روزشمار…، ۳۳۹٫ ۸، ۳۵۲)
وی در شمار روحانیونی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله مأموران رژیم پهلوی به بیمارستان شاه رضای مشهد (امام رضای کنونی) برنامه تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد. (انقلاب، ۳۳٫ ۲۰).
در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند. (شمس آبادی، ۳۱۵-۳۱۶)
متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند (اسناد انقلاب، ۴۹۲٫ ۳-۴۹۳) و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام‌خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گسترده‌ای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد. (انقلاب، ۱۸۸٫ ۲۱، ۱۲۳-۱۲۴).
آیتالله خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند، اما به رغم تلاش‌های مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند.
به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابان‌ها ریخته و برخی ساختمان‌ها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند.
شب حادثه، علمای مشهد از جمع آیتالله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل عام مردم تظاهرکننده فاجعه یکشنبه خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند. (شمس آبادی، ۳۲۵-۳۲۸)
به دنبال وقوع این حوادث، آیتالله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت، اعلامیه‌ای صادر کردند. (روزشمار، ۲۱۶٫ ۱۰-۲۱۷)
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام‌خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. (صحیفه، ۴۲۶٫ ۵-۴۲۸)
آیتالله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بود، با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک کرد و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت. (او به تنهایی…، ۶۳؛ حدیث…، ۴۰٫ ۲)
پس از تشکیل کمیته استقبال از امام‌خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی (قاسم‌پور، ۹۲-۹۴) مسئولیت کمیته تبلیغات آن را عهده‌دار شد.
به دنبال بسته شدن فرودگاه‌های کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام‌خمینی به ایران، آیتالله خامنه‌ای به همراه آیتالله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سر‌شناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را ساماندهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت. (هاشمی، انقلاب و….، ۱۶۱-۱۶۲، اطلاعات، شمـ ۵۷۷۱، ۱۳۵۷٫ ۱۱٫ ۰۹).
شب قبل از آغاز تحصن، آیتالله بهشتی در بهشت زهرا سخنرانی کرد و آیتالله خامنه‌ای قطعنامه‌ای را که خود تهیه کرده بود، برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت.
آیتالله خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل ستادی با مشارکت برخی از مبارزان متحصن به اقدامتی دست زدند که عمده‌ترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام تحصن بود. (مصاحبه‌ها…، (۱۳۶۲۰۱۳۶۳)، ۱۸۲-۱۸۳)
متحصنان در روز ۸ بهمن با صدور اعلامیه‌ای تأکید کردند تا باز شدن فرودگاه‌ها به روی امام‌خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد. (اسناد انقلاب، ۷۱۴٫ ۴)
این تحصن که تا صبح روز ۱۲ بهمن ادامه یافت (پا به پای…، ۱۹۵٫ ۲)، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.
در لحظه تاریخی ورود امام‌خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیتالله خامنه‌ای که در اشتیاق دیدار امام لحظه شماری می‌کرد به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام‌خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت.
در طول دهه‌فجر انقلاب اسلامی، آیتالله خامنه‌ای همواره در کنار امام‌خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولین کمیته تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروه‌های گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام امام را بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد. (قصه…، ۹۵)
II. دهه اول انقلاب اسلامی (بهمن ۱۳۵۷-خرداد۱۳۶۸)
الف- شورای انقلاب
یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیتالله خامنه‌ای در روند تکوین نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود.
این شورا پس از مهاجرت امام‌خمینی به فرانسه در مهر ۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام‌خمینی به تدریج انتخاب شدند، اما به سبب رعایت ملاحظات مختلف به صورت رسمی در آستانه پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید. (صحیفه، ۴۲۶٫ ۵-۴۲۸)
نخستین اعضای شورا مرتضی مطهری، سیدمحمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی‌کنی، سیدعلی خامنه‌ای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی‌رفسنجانی بودند.
در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن در آمدند. (خاطرات آیت الله، ۱۸۳). آیتالله خامنه‌ای در اواخر دی‌ماه در این جلسات حضور پیدا کرد. (پا به پای، ۱۹۲٫ ۲)
شورا در این مقطع، تصمیم‌گیری‌های مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت، از جمله آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته استقبال از امام‌خمینی بود. (قاسم‌پور، ۹۲-۹۴)
اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام‌خمینی بود. (هاشمی، انقلاب و…، ۱۶۹).
پس از پیروزی انقلاب آنچه بر عهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانون‌گذاری در غیاب قوه مقننه، انجام دادن بخشی از وظایف قوه مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام دادن همه وظایف آن پس از استعفای دولت موقت در ۱۴ آبان ۱۳۵۸٫
در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحران‌های پیش روی نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود. (سائلی، ۱۱)
به رغم تغییر چندین باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیتالله خامنه‌ای عضو ثابت آن باقی ماند. (همان، ۴۹۰۶۲)
ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت‌دار اعضای موسوم به لیبرال شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروه‌های مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود. (خلاصه، جلسه‌های مختلف)
او معتقد بود که در شورای انقلاب باید از قشرهای گوناگون جامعه نماینده‌ای حضور داشته باشد. (همان، جلسه ۱۳۵۷٫ ۱۲٫ ۱۰)
مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود.
او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده است و باید آن را از راه‌های مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود. (همان، جلسه‌های ۱۳۵۷/ ۱۲/ ۲۹؛ ۱۳۵۸/ ۶/ ۴؛ ۱۳۵۸/ ۷/ ۱۵؛ ۱۳۵۸/ ۹/ ۲)
در مورد منطقه سیستان و بلوچستان نیز براساس تجربه حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت. (همان جلسه‌های ۱۳۵۸/ ۱/ ۱۵؛ ۱۳۵۸/ ۱/ ۱۹؛ ۱۳۵۸/ ۶/ ۱۱؛ ۱۳۵۸/ ۸/ ۱۲؛ ۱۳۵۸/ ۶/ ۱۰ و ۱۳۵۸/ ۱۰/ ۸)
در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام‌خمینی مأموریت یافت در رأس هیئتی عازم آن منطقه شود تا به خواست‌ها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند. (صحیفه، ۴۲۰٫ ۶)
در این سفر، افزون بر مأموریت یاد شده با برخی از سران و متنفذین محلی دیدار و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنان تشریح و تبیین کرد.
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود. (خلاصه، جلسه‌های ۱۳۵۸/ ۴/ ۱۰، ۱۳۵۸/ ۶/ ۱۴، ۱۳۵۸/ ۹/ ۴)
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیتالله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید.
در این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود. (دولت‌ها…، ۴۵۷، ۴۵۹) همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه مجریه صورت گرفت، وی به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولان کلیه امور انتظامی، نظامی و امنیتی از جمله بحران‌های گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروه‌های ضدانقلاب را برعهده داشت، انتخاب گردید. (سائلی، ۱۱۷۰۱۱۸).
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود. (خلاسه، جلسه ۱۳۵۸/ ۹/۳)
وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت می‌کرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماه‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاش‌های میانجی‌گرانه به نتیجه نرسیده بود. (رسالت، شمـ ۹۹۷، ص۱۰)
وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی به ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد.
او ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه پاسداران به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا کرد. (هاشمی، انقلاب و، ۴۴۹).
ب- حزب جمهوری اسلامی
آیتالله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، همزمان با حضور موثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره گذار (همان، ۱۲۵) به همراه سیدمحمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی‌رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می‌کرد. (همان، ۲۱۵۰۲۱۸)
این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسما اعلام موجودیت کرد، اما سابقه تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می‌گردد که در آن برخی از مبارزان از جمله موسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی درصدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه اسلامی بودند. (جاسبی، ۱۴۹٫ ۴).
بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماه‌های منتهی به پیروزی انقلاب نقش موثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانی‌ها برعهده داشت که فعالیت آیتالله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود. (جاسبی، ۱۴۶٫ ۴-۱۴۷)
از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به این موارد اشاره کرد: پرکردن خلأ ناشی از قفدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پی ریزی بنیان‌های اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش‌آفرینی امام‌خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاه‌های اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع‌گیری صریح و صادقانه در برابر ترفند‌ها و فریب‌های دشمنان داخلی و خارجی. (کارنامه…، ۴۰۷).
وی از تهیه‌کنندگان مرام‌نامه حزب بود. در تقسیم‌بندی وظایف اعضا نیز وظیفه تبلیغات حزب را برعهده گرفت. (جاسبی، ۱۴۶٫ ۴).
آیتالله خامنه‌ای عضو موسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتار‌ها و جزوه‌هایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبه حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در ۲۶ اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.
پس از آیتالله بهشتی و دکتر باهنر-اولین و دومین دبیرکل حزب- آیتالله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد. (هاشمی، عبور…، ۲۶۳)
در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود. (همان، آرامش، ۲۶۷)
آیتالله خامنه‌ای حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانست.
نخستین کنگره حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و آیتالله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی (خاطرات سیدمرتضی، ۱۶۸) و شورای داوری حزب (جاسبی، ۳۰۰٫ ۴) انتخاب شد.
وی در طول دوران ریاست‌جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی تهران و شهرستان‌ها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین مأموریت‌ها و اهداف حزب به پرسش‌های اعضای دفتر‌ها و شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد. (جمهوری…، شمـ ۱۵۴۱، ص ۱۵، شمـ۱۵۴۳، ص۲).
وی همزمان با دوره دوم ریاست‌جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را برعهده داشت. در این دوره فعالیت‌های حزب به دلایل مختلف، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه خود را نداشت.
از جمله آن دلیل‌ها می‌توان این موارد را یاد کرد: رفع بحران‌های سالهای اولیه انقلاب، تأسیس نهاد‌ها و سازمان‌های مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش موثری داشت.
اشتغال شخصیت‌های محوری حزب از جمله آیتالله خامنه‌ای و هاشمی‌رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیان‌گذاران موثر آن، نارضایتی امام‌خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح‌بندی‌ها در درون حزب را موجب شد. (فراز و نشیب…، ۱۱).
از این‌رو آیتالله خامنه‌ای و هاشمی‌رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامه‌ای به امام‌خمینی و ذکر دلایل یاد شده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیت‌های آن شدند. (جمهوری، شمـ ۲۳۲، ص۱)
امام‌خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیت‌های حزب تعطیل شد. (صحیفه، ۲۷۵٫ ۲۰)
ج- امامت جمعه تهران
امام‌خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیتالله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند. (همان، ۱۱۶٫ ۱۲)
آیتالله خامنه‌ای نخستین نمازجمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کرد. (در مکتب…، ۱٫ ۲-۳) از این تاریخ تا واقعه ۶ تیر ۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به وی سوءقصد شد و بر اثر آن به شدت مجروح گردید، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر می‌برد، نمازجمعه تهران را اقامه کرد. (همان، ۲٫ جمـ، ۳/جمـ) پس از آن نیز همواره این سمت را برعهده داشت.
اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نمازجمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه‌جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام‌خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعدد دیگری نیز برگزار گردید. (فرهنگ و…، ۳۱۱)
وی در خطبه‌های نمازجمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم‌ترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است.
اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلامی بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
د- در مجلس شورای اسلامی
آیتالله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون‌گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد (رضوی، ۳۸۴) و از حوزه انتخابیه تهران وارد مجلس گردید.
در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود. در مدت ریاست ایشان طرح‌ها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهم‌ترین آنها می‌توان تأمین نیازمندی‌های استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله کردستان، مسائل مرزی، مسئله بلوچستان و سازماندهی نوین ارتش را یاد کرد. (آشنایی،…، ۹۰-۹۱)
از موضع‌گیری‌های مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست‌جمهوری اشاره کرد.
با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست‌جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه مقننه را ترک گفت.
هـ – دفاع مقدس
آیتالله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ فعالانه به ایفای نقش پرداخت.
ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه کرد و از رادیو به اطلاع مردم رساند. (خاطرات ماندگار، ۱۲)
در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیتالله خامنه‌ای بود. (همان، ۱۱).
در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه از امام‌خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت (اطلاعات، شمـ ۲۱۸۸۹، ص۹) تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و با سازماندهی نیرو‌ها برای مقابله با دشمن کمک کند. (جمهوری، شمـ ۳۸۷، ص۱)
بر این اساس راهی جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن، در جبهه غرب حاضر شد. حضور وی جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفر‌ها و سخنرانی‌های لازم، مستمر بود. (مصاحبه‌ها (۱۳۶۰)، ۷-۸)
وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیت‌های ایشان در صحنه نبرد بود.
بیشتر وقت وی در جبهه‌ها برای هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم- که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود- صرف می‌شد. (امید…، شمـ ۱۴۷، ص ۸-۹)
از اقدامات ویژه این ستاد که آیتالله خامنه‌ای مستقیما در آن نقش داشت، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار تانک بود.
در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش موثری داشت و در تقویت نیروی نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود. (خاطرات و حکایت‌ها، ۷٫ ۱۰-۲۰)
از دیگر تلاش‌های وی ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود. (کیهان، شمـ ۱۱۱۵۵، ص۴)
به فرمان امام‌خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه امور جنگ شد (صحیفه، ۲۶۳٫ ۱۳-۲۶۴) و آیتالله خامنه‌ای براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده وی در این شورا (همان، ۲۸۱٫ ۱۲) و نیز سخنگوی آن شد. (جمهوری، شمـ ۴۰۹، ص ۶)
در این مدت مشاور امام‌خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود. (بنی‌لوحی، ۱۷۲-۱۷۳) وی معمولا در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید. (جمهوری، شمـ ۴۰۹، ص۶).
در عملیات شکستن حصر آبادان (از جنوب…، ۱۷۴؛ اطلاعات، شمـ ۱۹۱۵۳، ص۵) حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس‌جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد، اما بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد. (مصاحبه‌ها (۱۳۶۰)، ۵۹)
اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیت‌ها و سازمان‌های بین‌المللی و نیز برخی از کشور‌ها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند.
آیتالله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل عقب‌نشینی به مرزهای بین‌المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمین‌های خود بیرون می‌کنیم. همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بد‌تر از جنگ است. (در مکتب، ۵۸٫ ۰۸٫ ۰۹)
با وجود این، تردد هیئت‌های صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او بر ضد مردم ایران می‌شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام کمک می‌کرد، مفید می‌دانست. (جمهوری، شمـ ۵۰۹، ص۲).
در دو دوره ریاست‌جمهوری آیتالله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ ش تحولاتی در صحنه جنگ پیش آمد و در مجموع موزانه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت.
نیروهای عراقی از بیشتر سرزمین‌های اشغال شده بیرون رانده شدند و با وحدت نظر مسئولان ارشد کشور از جمله آیتالله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات نظامی، طراحی و اجرا شد.
همزمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه بین‌المللی نیز بیشتر و فعال‌تر شد. وی طی ۷ سال از مجموع ۸ سال دوران ریاست‌جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های حسن نیت صلح که از سوی سازمان‌های بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیت‌های مهم بین‌المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص داد.
در دوره ریاست‌جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضور‌ها و بازدیدهای محدود اکتفا کرد، اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها، او را ناگریز کرد پس از کسب موافقت امام‌خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین آیتالله خامنه‌ای در دوره ریاست‌جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در ۱۳۶۵ ش و به منظور بکارگیری هر چه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام دادن اقدامات موثر در بسیج نیرو‌ها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد. (همان، شمـ ۲۰۸۸)
امام‌خمینی در پاسخ به استعلام وی در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد. (صحیفه، ۴۶۷٫ ۲۰)
در تابستان ۱۳۶۷ در آخرین سال ریاست‌جمهوری آیتالله خامنه‌ای با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیتالله خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام‌خمینی نیز بر آن صحه گذاشت. (درودیان، ۱۶۳)
امام‌خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفا به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: قول این مسئله برای من از زهره کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم… در قبول این قطعنامه فقط مسئولان کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است. (صحیفه، ۹۲٫ ۲۰، ۹۵).
به دنبال این تصمیم آیتالله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد. (ولایتی، ۲۷۸-۲۷۹).
و- فعالیت‌های ارشادی و تبیینی
بخشی مهمی از فعالیت‌های سیاسی و مذهبی آیتالله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب ریاست‌جمهوری، فعالیت‌های ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
به دنبال شهادت آیتالله مرتضی مطهری و خلأی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام‌خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیتالله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و اعتقادی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه‌های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به ویژه مارکسیست‌ها در محیط دانشگاهی تعیین کرد. (صحیفه، ۱۳۸٫ ۸)
وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسش‌های فکری و سیاسی آنها پاسخ می‌داد.
این جلسات بعد‌ها درمساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوء قصد به وی در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوء قصد به وی در مسجد ابوذر در خلال یکی از همین جلسات رخ داد. (جمهوری، شمـ ۱۱۳، ص۸، شمـ ۱۸۲، ص ۱۰، شمـ ۱۹۲، ص۱۰)
اقدام دیگر او مقابله با تلاش‌هایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون‌اساسی در حال شکل‌گیری بود. بدین نحو که نامه‌ای به امضای ۱۵ نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام‌خمینی و اگر امام‌خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته‌جمعی استعفا کنند. (مصاحبه‌ها (۱۳۶۰)، ۱۱۲-۱۱۴)
آیتالله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه هیئت وزیران شرکت می‌کرد، بعد از طرح نامه مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام‌خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید.
امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه کار قانونی مجلس خبرگان قانون‌اساسی تأکید کرد. (صحیفه، ۳۲۰٫ ۱۰)
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن ۱۵ هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئت‌های گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاه‌های جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملت‌ها، به ویژه ملت‌های مسلمان تشریح و تبیین کنند.
آیتالله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت. وی به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند ۱۳۵۹ به شهرهایی چون دهلی‌نو، حیدرآباد، بنگلور (کیهان، شمـ ۱۱۲۲۲، ص۴) و منطقه کشمیر (جمهوری، شمـ ۴۹۸، ص۳) سفر کرد و در سخنرانی‌ها، دیدار‌ها و گفت‌وگو‌ها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاه‌ها، تشکل‌ها و شخصیت‌های اسلامی و شیعیان هند چهره واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان کرد. (کیهان، شمـ ۱۱۲۱۸، ص۱۲؛ جمهوری، شمـ ۴۹۷، ص۳)
همچنین با خانم گاندی نخست‌وزیر هند- که از شخصیت‌های معتبر و موجه بین‌المللی بود- دیدار و گفت‌وگو کرد. (در مکتب، ۱۱۴٫ ۳-۱۱۸).
ز- مقابله با لیبرال‌ها و بنی‌صدر
یکی از مسائل مهم جامعه ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرال‌ها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود.
بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام‌خمینی از جمله آیتالله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند.
چهره شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.
آیتالله خامنه‌ای، بنی صدر را نماینده جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود (زندگینامه، ۱۶۶-۱۷۲) اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان هم‌فکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام‌خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد.
در برخی موارد نیز داوری نزد امام‌خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی‌صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون‌اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست‌جمهوری در مجلس شورای اسلامی در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، آیتالله خامنه‌ای در موافقت با طرح، نطق مشروح و موثری را یاد کرد. (مشروح…، دوره اول، جلسه ۱۶۷).
آیتالله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون بر ضد جناح لیبرال و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی آمریکا در ایران با تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد. (مصاحبه‌ها، (۱۳۶۳-۱۳۶۴)، ۱۱۴-۱۱۶)
در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزرا و مسئله پاکسازی در ادارات و سازمان‌های دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرفدار خط سازش با آمریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌کرد. (خلاصه، جلسه‌های متعدد)
آیتالله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد. (هاشمی، انقلاب در…، ۱۷۶)
امام‌خمینی در پیامی خطاب به آیتالله خامنه‌ای توطئه سوء قصد به جان وی را محکوم کرد و از او تجلیل نمود. (صحیفه، ۳۰۴٫ ۱۴)
بر اثر این سوء قصد وی از ناحیه سینه، دست راست آسیب جدی دید. گزارش‌های غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند. (جرعه نوش…، ۲۱۷-۲۱۸)
آیتالله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست‌جمهوری ترور شد. در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجددا به صحنه اجتماعی و سیاست بازگشت و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد. (مشروح، دوره اول، جلسه ۱۹۹).
ح- دوران ریاست‌جمهوری
از شهادت محمدعلی رجایی- دومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران- شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و به رغم مخالفت آیتالله خامنه‌ای، وی را به عنوان نامزد ریاست‌جمهوری انتخاب کردند و امام‌خمینی که سابقا با تصدی روحانیون در مقام ریاست‌جمهوری موافق نبودند، یا نامزدی او موافقت کردند. (فارسی، ۵۴۳-۵۴۴).
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست‌جمهوری او حمایت کردند.
از مهم‌ترین حامیان آیتالله خامنه‌ای ائتلاف گروه‌های خط امام بود. (جمهوری، شمـ ۶۶۷، ۶۶۸، ۶۶۹، ۶۷۰، ۶۷۱، ص۱، ۱۱) انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیتالله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۹۵/۱۱ درصد) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد. (همان، شمـ ۶۷۸، ص ۱۱)
در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام‌خمینی حکم ریاست‌جمهوری وی را تنفیذ کرد (صحیفه، ۲۷۸٫ ۱۵) و او در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد. (مشروح، دوره اول، جلسه ۲۲۴).
آیتالله خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علی‌اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد (همان، جلسه ۲۲۶)، ولی وی در رأی‌گیری روز ۳۰ مهر ۱۳۶۰ نتوانست آراء اکثریت نمایندگان را کسب نماید. (همان، جلسه ۲۲۷)
در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه جمهوری اسلامی و وزیر امورخارجه دولت‌های رجایی، باهنر و مهدوی‌کنی (دولت‌ها ۴۶۱، ۴۶۷، ۴۷۲، ۴۸۲) بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد. (مشروح، دوره اول، جلسه ۲۲۹) او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند. (همان، جلسه ۲۳۰)
آیتالله خامنه‌ای ریاست‌جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست‌جمهوری دارای ساختار مناسبی نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس‌جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدید می‌آورد.
به تدریج، دفتر ریاست‌جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت. (خاطرات…، ۷) آیتالله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاش‌های خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس‌جمهور و نهاد ریاست‌جمهوری کرد.
بعد‌ها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس‌جمهور که کاستی آن به ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس‌جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. (مشروح، دوره دوم، جلسه ۲۶۸).
سرفصل برنامه‌های آیتالله خامنه‌ای در دوره چهار ساله اول ریاست‌جمهوری عبارت بود از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی؛ نیل به سیاستهای اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دور افتادگان از مرکز؛ طاغوت‌زدایی از همه شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران؛ کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه عرصه‌ها از تکنیک تا هنر؛ تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه خدمت موثر به مردم؛ تأمین امنیت و آزادی همه افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر. (حاج سیدجوادی، ۱۰۳-۱۰۴).
در دوره چهار ساله دوم نیز ضمن ادامه برنامه‌های دوره اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، این موارد نیز از اهم برنامه‌های آیتالله خامنه‌ای بود: تدوین لایحه اختیارات ریاست‌جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولان لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمین‌های کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی (جمهوری، شمـ ۱۷۹۹، ص۱۰-۱۱).
در عرصه سیاست و روابط خارجی برنامه وی شامل این موارد بود: اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم‌گیری بر مبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب (نوازنی، ۲۹۸٫ ۱، ۳۰۰، ۳۳۹ و ۳۹۲)، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در باز پس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرت‌های جهانی و مبارزه مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه ابرقدرت‌ها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله قدس و دیگر سرزمین‌های غصب شده فلسطین و آمادگی برای مبارزه همه‌جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه بین‌المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور موثر در صحنه‌های بین‌المللی. (علی بابایی، ۱۳۰٫ ۶)
آیتالله خامنه‌ای با توجه به تجربه مشکلات و اختلاف نظر‌ها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست‌جمهوری، مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست‌جمهوری شرکت کند، اما پس از آنکه امام‌خمینی آن را تکلیف شرعی وی دانست، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست‌جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت. (هاشمی، امید…، ۲۲-۲۳؛ جرعه نوش، ۲۳۷)
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور و در آستانه انتخاب نخست‌وزیر، آنگاه که معلوم شد آیتالله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست‌وزیر در صدد معرفی فرد دیگری برای نخست‌وزیری است، برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست وزیری دوباره مهندس موسوی است.
امام‌خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفت و به آیتالله خامنه‌ای حکم کرد که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند.
آیتالله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و به رغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد. (هاشمی، همانجا) در دوره دوم ریاست‌جمهوری آیتالله خامنه‌ای اختلافات رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیتالله خامنه‌ای اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام‌خمینی (ره) عهده‌دار شد.
امام این حکم را در پاسخ به استعلام آیتالله خامنه‌ای به مناسبت بازگشایی دانشگاه‌ها صادر کرد. (صحیفه، ۸۳٫ ۱۸-۸۴)
همچنین دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس پیام امام‌خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد. (همان، ۱۱۰٫ ۹-۱۱۱)
در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام یافت و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد. (بیست سال…، ۷-۸)
آیتالله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دوره ریاست‌جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهده دار بود و در این سال‌ها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش موثری ایفا نمود. (صحیفه، ۱۷۱٫ ۱۹، ۳۱۶، ۱۴۸٫ ۲۱، ۳۴۳؛ نک: بیست سال، جمـ)
در دوران هشت ساله ریاست‌جمهوری آیتالله خامنه‌ای دستگاه سیاست‌خارجی و دیپلماسی ایران فعال‌تر شد.
یکی از شاخص‌های توسعه سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعه روابط بود که در دوره اول ریاست‌جمهوری شروع شد و در دوره دوم توسعه یافت. (آرشیو مرکز پژوهش،…، پرونده‌های دوره ریاست‌جمهوری آیتالله خامنه‌ای)
او در دوره اول ریاست‌جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دوره دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ به کشورهای آسیایی و آفریقایی، پاکستان، تانزانیا، زیمباوه، آنگولا، و موزامبیک سفر نمود.
از ۱۱ تا ۱۵ شهریور ۱۳۶۵ برای شرکت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجددا به زیمباوه سفر کرد.
در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود. (جمهوری، شمـ ۱۹۲۱، ص۱۲).
از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ به کشورهای یوگسلاوی و رومانی (همان، شمـ ۲۸۲۶، ص۱۱) و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ به کشورهای چین و کره‌شمالی سفر کرد (همان، شمـ ۲۸۸۶، ص۱۲، شمـ ۲۸۸۹، ص۲).
آیتالله خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاه‌ها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولت‌های جهان تشریح نمود.
این اولین حضور رئیس‌جمهوری اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود. (همان، شمـ ۲۴۱۳، ص۱۰) نکته حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین‌المللی از او و فعالیت‌هایش برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبارجهانی در قبال ایران بود. امامت نمازجمعه مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود.
از اقدامات دیگر آیتالله خامنه‌ای در زمینه سیاست‌خارجی می‌توان به برقراری ارتباط مسنجم با گروه‌های سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد برضد دشمن مشترکشان تبدیل کرد.
تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت‌گانه افغانستان که به رقابت زیان بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداق‌های مهم این رویکرد است.
در این دوره، به دامنه حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروه‌های اسلامی در آن کشور‌ها جایگاه منطقه‌ای و بین‌المللی قابل ملاحظه‌ای بخشید.
دیدار با قشرهای مختلف مردم، بازدید از موسسات و سازمان‌های گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرح‌ها، شرکت در همایش‌ها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیتالله خامنه‌ای در دوره ریاست‌جمهوری بود.
حفظ ارتباط با مردم به ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیتالله خامنه‌ای در دوره ریاست‌جمهوری بود. براین پایه ملاقات‌های مردمی در مناسبت‌های مختلف و دیدار با خانوادهای شهدا، خصوصا سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطه زمام‌داران و مردم محسوب می‌شود.
همچنین، سفرهای آیتالله خامنه‌ای به استان‌ها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با قشرهای مختلف مردم، به ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهر‌ها و روستا‌ها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن از جمله ابتکارات، فعالیت‌های مستمر و موثر وی بود.
در ۱۶ دی ۱۳۶۶، امام‌خمینی در نامه‌ای به آیتالله خامنه‌ای و ناظر به بیانات وی در خطبه‌های نمازجمعه تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت‌فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت‌فقیه را مطلقه عنوان کرد.
آیتالله خامنه‌ای در پاسخ به نامه امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نمازجمعه را با امام‌خمینی مطرح کرد.
امام‌خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده و ضمن تقدیر از آیتالله خامنه‌ای در بخشی از آن نوشتند: اینجانب از سالهای قبل از انقلاب با جنابعالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است. جنابعالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جدا جانب‌داری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید. (صحیفه، ۴۵۲٫ ۲۰-۴۵۵).
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام‌خمینی در پاسخ به نامه سران کشور (از جمله آیتالله خامنه‌ای) در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند. (همان، ۴۶۳٫ ۲۰-۴۶۵)
بر این اساس، آیتالله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص گشت. (گفت‌وگو با…، ۵۲)
وی این سمت را تا پایان دوره ریاست‌جمهوری عهده‌دار بود. (همان، ۶۸-۶۹)
آیتالله خامنه‌ای در دوران هشت ساله ریاست‌جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام‌خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام‌خمینی مأموریت‌هایی فرا‌تر از وظایف ریاست‌جمهوری به او محول نمودند و یا پینشهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند و در ۱۵ فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیتالله خامنه‌ای کرده و مأمور پیگیری مطالبات ایران از آمریکا و سایر کشور‌ها کردند. (همان، ۱۸۸٫ ۱۸)
در اول آذر همان سال با پیشنهاد آیتالله خامنه‌ای در مورد تشکیل اداره حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمودند. (همان، ۲۲۸٫ ۱۸).
در ۹ دی ۱۳۶۲ وی را مأمور بررسی مجدد لایحه تعزیرات کردند. (همان، ۲۷۲٫ ۱۸)
امام در ۲۳ بهمن ۱۳۶۷ آیتالله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورای عالی قضایی دعوت کند تا در جلسه سران ۳ قوه شرکت کرده و طرح‌های خود را در زمینه تقسیم کار برای اداره بهتر آن شورا مطرح نمایند. (همان، ۲۵۸٫ ۲۱)
در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسه سران ۳ قوه موافقت نمود. (همان، ۲۶۴٫ ۲۱)
در ۴ اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامه‌ای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقی‌های مقیم ایران کرد. (همان، ۳۱۵٫ ۲۱).
امام‌خمینی در حکمی در ۳ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به آیتالله خامنه‌ای هیئتی متشکل از ۲۰ نفر از جمله آیتالله خامنه‌ای را تعیین نمود تا به همراه ۵ نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، بازنگری و تکمیل قانون‌اساسی در موضوعات پنچ‌گانه بپردازند. (همان، ۳۶۳٫ ۲۱-۳۶۴)
پس از تشکیل شورای یاد شده آیتالله مشکینی به عنوان رئیس، آیتالله خامنه‌ای و اکبر هاشمی‌رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند. (صورت…، ۱٫ ۱-۲۹)
شورا در طول ۴۱ جلسه در مورد ۵ موضوع اصلی شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و شمار نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود. (همان، ج ۱-۴، جمـ)
این جلسات تا پس از رحلت امام‌خمینی ادامه داشت.
دوران رهبری
الف- انتخاب به مقام رهبری نظام جمهوری اسلامی
انتخاب آیتالله خامنه‌ای به مقام رهبری نظام جمهوری اسلامی بعد از رحت بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران، یکی از فرازهای مهم تاریخ ایران در دوران پس از پیروزی انقلاب است.
سرعت عمل و آراء قاطع نمایندگان مجلس خبرگان به آیتالله خامنه‌ای و ویژگی‌های شخصیتی، سوابق مبارزاتی و مدیریتی قابل ملاحظه ایشان و از همه مهم‌تر، اصرار و تأکید همیشگی بر ضرورت تداوم راه و آرمانهای امام‌خمینی، مرحله نوینی از تاریخ ایران را با اقتدار همراه با ثبات و آرامش رقم زد.
عدم انتخاب جانشین برای امام‌خمینی از یک طرف و حساسیت‌های ناشی از شرایط نه جنگ و نه صلح بین ایران و عراق و تداوم خصومت و دشمنی نظام سلطه جهانی نسبت به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی که همواره مترصد زدن ضربه‌ای به آن بودند، به این دوره از تاریخ ایران حساسیت ویژه‌ای داده بود. لذا پس از رحلت امام‌خمینی، موضوع انتخاب رهبری برای نظام جمهوری اسلامی، اهمیت فوق‌العاده‌ای داشت.
در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ در حالی که مردم و مسئولان آماده تشییع و خاکسپاری پیکر پاک امام‌خمینی بودند، در جلسه‌ای با حضور مسئولان کشوری و لشکری، آیت الله خامنه‌ای رئیس‌جمهور، وصیت‌نامه سیاسی- الهی امام‌خمینی را قرائت کردند.
مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب کند.
مطابق اصل ۱۰۷ قانون‌اساسی مصوب ۱۳۵۸ ش، انتخاب رهبری بر عهده نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد.
در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رأی ندادند و آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رأی‌گیری به میان آمد و نام آیتالله خامنه‌ای مطرح شد، برخی از نمایندگان که از نظر امام‌خمینی مبنی بر صلاحیت آیتالله خامنه‌ای برای رهبری نظام پس از رحت امام که در جلسات متعددی در خصوص سران قوا و نخست‌وزیر و حاج سیداحمد خمینی ابراز کرده بودند، اطلاع اجمالی داشتند، خواستار توضیح شاهدان آن شدند.
دو نفر از شاهدان، نقل امام‌خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند، استناد این نظر به امام را تأیید کردند. همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیتالله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره‌شمالی ابراز کرده بودند نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد.
در پی آن رأی‌گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیت‌های دینی، علمی و سیاسی آیتالله خامنه‌ای، معظم‌له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند. (چگونگی…، ۱۸؛ هاشمی، بازسازی…، ۱۴۹-۱۵۱)
آیتالله خامنه‌ای خود به این موضوع اشاره کرده، می‌گویند: تا زمانی که موضوع انتخاب را متعین ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع می‌کردم. (حدیث، ۱۸۲٫ ۱-۱۸۳).
پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه‌پرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر براساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری ایشان رأی‌گیری کرد و اکثریت قاطع مجددا معظم‌له را به رهبری نظام انتخاب کردند.
برخی زمینه‌های اصلی نظر امام راحل بر رهبری آیتالله خامنه‌ای عبارت‌اند از: مبارزه طولانی مدت برای تحقق حکومت اسلامی، اعتقاد راسخ و روشن به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی، بیش از یک دهه فعالیت‌های همه‌جانبه سیاسی، اجرایی و فرهنگی برای استقرار نظام جمهوری اسلامی، روشن بینی دینی، تسلط علمی بر مبانی دینی، سلوک فردی و اجتماعی، زهد و پارسایی.
امام‌خمینی به مناسبت‌های گوناگون شایستگی‌ها، تعهد و خدمتگزاری آیتالله خامنه‌ای در راه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را مورد تأیید قرار داده بودند.
ایشان در تاریخ ۷ تیر ۱۳۶۰ در بخشی از پیام خود به مناسبت ترور آیتالله خامنه‌ای فرمودند: اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله رسول اکرم (ص) و خاندان حسین بن علی (ع) هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فداکار در جبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب می‌باشید، میزان تفکر سیاسی خود و طرفداری از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندید. اینان با سوء قصد به شما عواطف میلیون‌ها انسان متعهد را در سراسر کشور، بلکه جهان جریحه‌دار نمودند. اینان آن قدر از بینش سیاسی بی‌نصیب‌اند که بی‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیگشاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین انداز است… من به شما خامنه‌ای عزیز، تبریک می‌گویم که در جبهه‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم. (صحیفه، ۵۰۴٫ ۱۴)
امام در تاریخ ۸ شهریور ۱۳۶۵ به افراد و رجال سیاسی توصیه کردند که در گفتارشان به جای عیب‌جویی دائمی، مثل آیتالله خامنه‌ای باشند که همیشه همه را نصیحت می‌کند و خدماتش را به رخ مردم نمی‌کشد. (همان، ۱۲۷٫ ۲۰)
در تاریخ ۲۱ دی ۱۳۶۶ در پاسخ به نامه آیتالله خامنه‌ای در مورد ولایت مطلقه فقیه، در بخشی از نامه نوشتند: اینجانب که از سالهای قبل از انقلاب با جناب عالی ارتباط نزدیک شده‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جنابعالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری آشنا به مسائل فقهی که متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جدا جانب‌داری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید. (همان، ۴۴۵٫ ۲۰).
حجت‌الاسلام والمسلمین سیداحمد خمینی، نزدیک‌ترین فرد به امام‌خمینی که مشاور و مورد وثوق کامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پس سفر خارجی آیت الله خامنه‌ای گفتند: الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند (جرعه نوش، ۲۶۵).
زهرا مصطفوی، دختر امام‌خمینی بیان کرده که آنگاه که امام درباره رهبری آینده نظام پرسیده است، ایشان از آیتالله خامنه‌ای نام بردند و آنگاه که از مقام علمی آیتالله خامنه‌ای سوال کرده است، ایشان اجتهاد آیتالله خامنه‌ای را تأیید کرده‌اند. (جمهوری، شمـ ۵۳۵۲، ص۲).
آیتالله هاشمی‌رفسنجانی نیز نقل کرده است که زمانی که امام درصدد عزل آیتالله منتظری از رهبری آینده بودند، در جلسه‌ای که با حضور سران سه قوه، نخست‌وزیر (میرحسین موسوی) و حاج سیداحمد خمینی در محضر امام تشکیل شده بود، در مورد جانشین رهبری بحث شد، امام از آیتالله خامنه‌ای برای رهبری آینده نظام نام بردند.
وی همچنین بیان داشته که در جلسه خصوصی خود با امام راحل نسبت به وضع رهبری در آینده ابزار نگرانی کرده است و امام در پاسخ با اشاره به آیتالله خامنه‌ای فرموده‌اند: شما در بن بست نخواهید بود. چنین فردی در میان شما هست. چرا خودتان نمی‌دانید؟ (مرجعیت…، ۷۰)
بدون تردید مقطع زمانی انتخاب آیتالله خامنه‌ای به رهبری نظام دارای اهمیت و حساسیت ویژه‌ای بوده است.
برخی نگرانی‌ها که در پی بیماری امام‌خمینی به وجود آمده بود، عبارت بودند از: ۱٫ مدیریت کشور در دوره پس از امام‌خمینی (جمهوری، شمـ ۲۹۵۰، ص ۱۴-۱۵)؛ ۲٫ ناتمام بودن اصلاح و بازنگری قانون‌اساسی؛ ۳٫ نگرانی از حمله یا تحریکات نظامی عراق، آمریکا و منافقین با توجه به نقض مکرر آتش‌بس توسط عراق و تبلیغات وسیع برای پیروز قلمداد کردن خود در جنگ؛ ۴٫ ادامه بحران ناشی از توطئه انتشار کتاب آیات شیطانی در حوزه سیاست‌خارجی و صدور حکم امام‌خمینی مبنی بر ارتداد سلمان رشدی، نویسنده آن که با واکنش سرسختانه کشورهای غربی مواجه شد. (جمهوری، شمـ ۲۸۵۲، ص۳؛ کیهان، شمـ ۱۳۶۲۱، ص۱، ۱۲).
اما آنچه همه نگرانی‌ها را به امید تبدیل کرد، عبارت بودند از:
۱٫ انتخاب آیتالله خامنه‌ای به مقام رهبری که در کوتاه‌ترین زمان روی داد.
۲٫ تشییع و وداع میلیونی و بی‌نظیر مردم با امام‌خمینی و شکل گرفتن بزرگ‌ترین تشییع و وداع با یک رهبر مردمی که همچون طوفان عظیمی احتمال هرگونه توطئه دشمن را منتفی کرد.
۳٫ تأیید و بیعت مسئولان ارشد نظام، بیت امام، مراجع تقلید و علما، نخبگان، شخصیت‌های حوزوی و دانشگاهی، خانواده‌های شهدا و قشرهای مختلف مردم.
۴٫ نهادهایی که نماد اقتدار کشورند از انتخاب آیتالله خامنه‌ای به مقام رهبری حمایت و آمادگی خود را برای اطاعت از اوامر ایشان اعلام نمودند. (حدیث، ۱/جم)
۵٫ حاج سیداحمد خمینی ساعاتی پس از انتخاب حضرت آیتالله خامنه‌ای به رهبری با ارسال پیام تبریکی به ایشان اظهار داشت: «حضرت امام بار‌ها از جنابعالی به عنوان مجتهد مسلم و نیز بهترین فرد برای رهبری نظام اسلامی‌مان نام می‌بردند. من و تمامی اعضای بیت امام از حضرات آیات خبرگان محترم صمیمانه تشکر می‌نماییم؛ چرا که معتقدیم روح امام عزیزمان از این انتخاب شاد و آرام شده است. من بار دیگر چون برادری کوچک اوامر آن ولی‌فقیه برای خود لازم‌الاجرا می‌دانم.» (جمهوری، ش۲۹۲۴، ص۳)
۶٫ بیعت وسیع و گسترده، این پیام را به همراه خود داشت که جانشین امام‌خمینی در حوزه نظر و عمل، اعتقاد راسخ به راه و تفکر امام دارد و آن را با تمام توان استمرار خواهد بخشید.
این بیعت‌ها به صورت حضوری، شرکت در راهپیمایی‌ها، انتشار اطلاعیه و پیام تبریک و امضای طومار‌ها پس از آن انجام گرفت. (کیهان، شم۱۳۶۳۱)
کاروان‌های میثاق با امام و بیعت با رهبری در آستانه چهلمین روز ارتحال امام‌خمینی از سراسر کشور به راه افتاد (جمهوری، شمـ ۲۹۲۹) و «مانورهای بیعت با رهبری» در برخی مناطق مرزی و استراتژیک کشور (همان، شمـ۲۹۷۲) و نیز برگزاری «سمینارهای میثاق با امام، بیعت با رهبری» شکل گرفت. (همان، شمـ ۲۹۷۹).
بیعت با آیتالله خامنه‌ای، تا ماه‌ها استمرار یافت و به جهانیان ثابت کرد که ایران با رهبری آیتالله خامنه‌ای همچنان پرچمدار امت اسلامی است.
۷٫ مواضع صریح و مکرر آیتالله خامنه‌ای مبنی بر تداوم راه امام و حفظ وحدت و ایجاد اعتماد متقابل بین مردم و رهبری و پافشاری بر حفظ اصول دینی، شرع و شفقت اسلامی، حمایت بی‌دریغ از مستضعفان و محرومان و قشرهای پایین جامعه و ایجاد وحدت و همبستگی با ملت‌های مظلوم و عزت بخشیدن به اسلام و ملت‌های مسلمان و مرعوب نشدن از تهدیدات قدرت‌های جهانی.
آیتالله خامنه‌ای از امام‌خمینی به عنوان «ریشه شجره طیبه انقلاب» یاد کردند و اعلام نمودند که «ما راه خود را براساس راه امام ادامه خواهیم داد» (حدیث، ۱ / ۳-۵، ۹۵، ۳۱۴)
ب- سیاست داخلی
سیاست داخلی در این دوره با پنجمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری و نیز همه‌پرسی اصلاح قانون اسای مصوب سال ۱۳۵۸ شروع می‌شود.
از آغاز دوره رهبری آیتالله خامنه‌ای تاکنون ۷ دولت با رای مستقیم مردم تشکیل شده است. یکی از ویژگی‌های عمده تشکیل دولت‌ها در این مقطع برگزاری انتخاب‌های پرشور و رقابتی بوده است.
رویکرد دائمی رهبر انقلاب اسلامی در مورد دولت‌ها رویکردی حمایتی بوده و در عین حال نگاه انتقادی نسبت به برخی از اقدامات و عملکرد دولت‌ها وجود داشته است.
آیتالله خامنه‌ای دستورات و توصیه‌های مهمی به دولت‌ها در نهان و آشکار داشته‌اند. برخی از مهم‌ترین توصیه‌های ایشان عبارتند از: توجه به قشرهای ضعیف و محروم، حرکت در مسیر شریعت و عدم انحراف از آن، تداوم راه امام‌خمینی و ارتباط با مردم.
یکی از راهبردهای مورد نظر رهبری انقلاب برای غلبه بر چالش‌ها، طرح و تحلیل ابعاد و ظرفیت‌های مختلف گفتمان انقلاب اسلامی، به ویژه در میان دانشجویان و جوانان بوده است.
پیامدهای عملی و مصادیق عینی این رویکرد و رخداد و چالش‌های مهمی همچون رویدادهای کوی دانشگاه تهران در تیر ۱۳۷۸ و وقایع سال ۱۳۸۸ به ظهور رسید.
سفرهای استانی:
یکی از مهم‌ترین اقدامات رهبر انقلاب برای تداوم ارتباط با مردم و خدمت به آنها، سفرهای استانی بود.
آیتالله خامنه‌ای اهمیت سفرهای استانی را ملاقات با مردم و احوال‌پرسی از قشرهای مختلف، حضور در میان آنها، اطلاع از اوضاع و پیدا کردن معلومات از نزدیک در مورد زندگی و مسائل مردم می‌دانند. (مصاحبه در پایان سفر به استان چهارمحال و بختیاری، ۷ / ۷ / ۱۳۷۱)
ایشان از سفرهای استانی روسای جمهور نیز همواره به عنوان یکی از اقدامات مهم برای حفظ رابطه دولت با مردم و آگاهی از مسائل و مشکلات آنها از نزدیک یاد کرده و بر انجام و تداوم آن تاکید نموده‌اند. (بیانات، ۸ / ۱۲/ ۱۳۸۴)
در نظر رهبر انقلاب سفرهای استانی مسئولان دارای این آثار است: موجب تعمیق پیوند آنان با مردم و مردم با نظام جمهوری اسلامی؛ محرومیت‌زدایی؛ توسعه و پیشرفت اقتصادی، صنعتی، اجتماعی و فرهنگی کشور؛ گام مهمی در راستای اجرای عدالت اجتماعی؛ وحدت و تقویت هم‌گرایی بین اقوام و قشرهای مختلف مردم در سراسر کشور.
از دیگر اهداف سفر‌ها می‌توان به این موارد اشاره کرد: ارتباط مستقیم تصمیم‌گیران و مجریان، ارتباط با نخبگان و مدیران محلی، تجلیل از خانواده‌های شهدا و ایثارگران، بزرگداشت خادمان محلی کشور، بیدار کردن استعدادهای نهفته، دیدار از مناطق محروم در سالهای پس از پایان جنگ یک راهبرد برای نظام جمهوری اسلامی محسوب می‌شد.
وقایع سالهای ۱۳۷۸ و ۱۳۸۸ ش:
یکی از رخدادهای دوران رهبری آیتالله خامنه‌ای حوادث کوی دانشگاه تهران در تیر ۱۳۷۸ بود که با هدایت‌های رهبری انقلاب و حضور مردم مهار شد.
ایشان ضمن تبیین ابعاد و پیامدهای آن حادثه، آن را حادثه‌ای تلخ و غیرقابل قبول در جمهوری اسلامی شمردند و نسبت به برخورد جدی و قانونی با متخلفان و عاملان آن تاکید کردند. (بیانات، ۲۱/۴/۱۳۷۸) همچنین آن را درسی مهم برای مسئولان، دانشجویان و مردم دانستند. (خطبه‌ها، ۸/۵/۱۳۷۸).
رخداد مهم دیگر واقعی پس از انتخابات دهمین دوره ریاست‌جمهوری بود که ناشی از نارضایتی برخی از نامزدهای معترض به نتیجه انتخابات بود.
حضور ۸۵ درصدی واجدان شرایط در این انتخابات، از فرازهای مهم انقلاب اسلامی بود. رهبر انقلاب اسلامی در پیام تبریک به مردم ضمن اشاره به اهمیت این مشارکت گوشزد کردند که دشمنان می‌خواهند شیرینی این رویداد را از کام ملت بزدایند.
این واقعه با تدابیر و رهنمودهای آیتالله خامنه‌ای از میان رفت (بیانات، ۶ /۱۲/۱۳۸۸). به ظن ایشان لغزش و تردید خواص موجب سستی پایه‌های جامعه می‌شود (بیانات ۲۲ /۹/ ۸۸؛ بیانات ۱۶ / ۵/ ۱۳۹۱)
ج- سیاست خارجی
براساس اصل ۱۱۰ قانون اساسی، تعیین سیاستهای کلی نظام از جمله سیاست‌خارجی پس از مشورت با مجمع تشخیص مصلحت نظام و همچنین نظارت بر آنها بر عهده رهبر انقلاب اسلامی است.
تصویب یا رد سیاست‌خارجی از اختیارات رهبر نظام جمهوری اسلامی است و نظر وی در موارد مهم سیاست‌خارجی فصل‌الخطاب است. (ملکی، ۳۹)
براساس قانون‌اساسی و اختیارات ناشی از ولایت مطلقه فقیه، مقام رهبری در راس هرم تصمیم‌گیری و سیاست‌گذاری خارجی نقش اصلی را داراست. (دهقان، ۲۶۲)
آیتالله خامنه‌ای از آغاز دوره رهبری، ضمن استمرار حرکت در مسیر سیاست‌خارجی مورد نظر و عمل امام‌خمینی سیاست‌خارجی جمهوری اسلامی را متناسب با تحولات بین‌المللی و جایگاه و موقعیت ایران، تنظیم کرده‌اند.
۱-اصل «نه شرقی، نه غربی»:
این اصل سیاسی، زیربنای مسیر اصلی سیاست‌خارجی جمهوری اسلامی ایران است. به نظر آیتالله خامنه‌ای این اصل نه یک سیاست، بلکه مبنا و پایه نظام جمهوری اسلامی (حدیث ۲/۷۸؛ راهبرد‌ها، ۳۵) و بیت الغزل سیاست‌خارجی جمهوری اسلامی است. (همان، ۴۹)
۲-حمایت از مردم لبنان و فلسطین:
رهبر انقلاب اسلامی در تبیین و اجرای عملی اصل حمایت از مستضعفان و مظلومان جهان، آن را گامی برای حرکت به سوی حیات، طیبه می‌دانند که با حاکمیت مومنان و مسضعفان عملی خواهد شد.
یکی از مصادیق بارز مستضعفان و مظلومان در عصر حاضر، مردم ستمدیده فلسطین و لبنان می‌باشند. ملت‌های فلسطین و لبنان در دوارن پس از پیروزی انقلاب اسلامی همواره مورد حمایت نظری و عملی امام‌خمینی بودند و این سیاست در دوران رهبری آیتالله خامنه‌ای نیز با قوت و وسعت بیشتری تداوم یافته است.
در منظر آیتالله خامنه‌ای، اسلامی که ابوجهل‌ها و ابوسفیان‌ها از آن نترسند، اسلام نیست. اسلامی که طبقات مستضعف و محروم به آن امیدوار نباشند، اسلام نیست. (بیانات، ۱۰ / ۱۱ /۱۳۶۸)
آیتالله خامنه‌ای به مناسبت اولین سا لگرد رحلت امام‌خمینی در ۱۰ خرداد ۱۳۶۹ پیامی را خطاب به ملت ایران صادر کردند که از آن طریق خط مشی آینده ناظم جمهوری اسلامی را نیز تببین نمودند. از جمله محورهای این پیام، اعلام خطوط اصلی سیاست‌خارجی جمهوری اسلامی ایران بود. در این پیام مسئله فلسطین به عنوان مسئله اول بین‌المللی اسلامی مطرح شده است. (سیمای…، ۳۳)
آیتالله خامنه‌ای هدف ایران را حمایت اخلاقی، سیاسی و مالی و همچنین حمایت مستقیم از جهاد بر ضد رژیم‌صهیونیستی اعلام کردند. (بیانات، ۴ /۹/۱۳۶۹)
در مسئله لبنان و به ویژه در جنگ‌های ۳۳ روزه لبنانی‌ها و رژیم‌صهیونیستی، این سیاست را اعمال نمودند که نتیجه آن پیروزی ملت‌های لبنان و فلسطین بود (خطبه‌ها، ۱۴/۱۱/۱۳۹۰)
۳-حمایت از بیداری اسلامی:
بیداری اسلامی در اندیشه آیتالله خامنه‌ای دارای سابقه‌ای قدیمی و طولانی است. ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام در ۱۳۴۵ ش و ادعانامه‌ای علیه تمدن غرب در ۱۳۴۹ ش- که هر دو از آثار سید قطب است- مصداق عینی این مدعاست. در دوران پس از پیروزی انقلاب اسلامی به ویژه در دوران رهبری، آن را در چارچوب اصلی دعوت در سیاست‌خارجی جمهوری اسلامی دنبال نمودند.
ایشان در ۲۰ بهمن ۱۳۶۸ به صراحت از بیداری اسلامی حمایت کردند و بازگشت مسلمانان به زندگی اسلامی را نوید دادند. (خطبه‌ها)
بیدرای اسلامی براساس ۳ اصل؛ بازگشت به اسلام، تحقق وحدت جهانی اسلام و استکبارستیزی شکل جدیدی به خود گرفت. (بیانات، ۲۲ / ۲ /۱۳۸۲، ۲ / ۱۲ /۱۳۸۹)
ارائه الگو برای حرکت‌های آزادی‌خواهانه ضداستبدادی و ضداستعماری در بیداری اسلامی از جمله اقدامات آیتالله خامنه‌ای در دوران رهبری بوده است.
ایشان در نخستین روزهای سال ۱۳۹۰ و پس از خیزش مردمی در برخی کشورهای منطقه، آن را حرکت ملت‌ها و امت اسلامی با شعار اسلام به سمت اهداف اسلایم و نشان‌دهنده بیداری عمومی ملت‌ها دانستند. (بیانات، ۱/۱/۱۳۹۰)
ایشان پدیدار شدن بیداری اسلامی در جهان اسلام را حاصل انقلاب اسلامی ایران و پیروزی ملت ایران در آن می‌دانند. رهبر انقلاب اسلامی، امام‌خمینی را مظهر بیداری اسلامی معرفی می‌نمایند و منطق امام‌خمینی در این زمینه را منطق عقل بیان می‌کنند. (بیانات، ۱۱/۶/۸۴).
ویژگی دیگر اندیشه بیداری اسلامی در منظر آیتالله خامنه‌ای پیوستگی آن در خط اعتدال آرمان‌گرایی اسلامی می‌باشد. (صوفی، ۱۸۴، ۱۸۵)
ایشان تحقق بیداری را حتی در ملت‌های غیرمسلمان قطعی می‌دانند. (بیانات، ۱۴/۲/۱۳۹۰)
ایشان با بیان عباراتی چون «بیداری ملت‌ها» (بیانات ۲۲ /۶/۱۳۶۸)، «بیداری مردم» (بیانات، ۲ / ۱ / ۱۳۶۹) «بیداری ملت‌های مظلوم» (بیانات ۱۰۹ / ۱۱ /۶۸)، «بیداری انقلاب» (ببیانات ۱۴/۴/۱۳۶۸)، «بیداری معنوی» (بیانات ۱۷/۷/۱۳۷۰)، «بیداری ایمان: (۱۷/۱۱/۷۲)، «بیداری جهانی» (بیانات ۱۲/۸/۱۳۷۷) تصریح کرده‌اند که بیداری تا قلب اروپا پیش خواهد رفت.
در وجه دیگر، ایشان با استناد به آیات قرآن، بیداری اسلامی را تحقق وعده نصرت الهی در نتیجه مقاومت آگاهانه امت اسلامی تلقی می‌کنند. (معتمد، ۶۱-۷۰)
رهبر انقلاب اسلامی، در تحلیل هویت اسلامی بیداری مردم خاورمیانه و جهان اسلام، نقطه ثقل آن را خواست مردم‌سالاری از سوی مردمی می‌دانند که در بستر اسلامی زندگی می‌کنند و می‌اندیشند. (مرادی، ۷۶)
ایشان به تبیین آسیب‌های درونی و بیرونی بیداری به طور اعم و بیداری اسلامی به طور اخص پرداخته‌اند.
راهکارهای ارائه شده از سوی ایشان برای تقویت بیداری اسلامی در بستر پدید آمده و در مسیر درست آن عبارتنداز: توکل به خدا و اعتماد به او؛ آمادگی در میدان؛ عدم غفلت و غرور؛ بازخوانی اصول انقلاب؛ پرهیز از اختلافات مذهبی، قومی، قبیله‌ای و مرزی؛ نظام‌سازی و اعتماد به نسل جوان. (یوسفی، ۱۹۱-۲۲۷)
عزت، حکمت و مصلحت:
آیتالله خامنه‌ای معتقدند که عزت، حکمت و مصلحت یک مثلث الزامی برای چارچوب ارتباطات بین‌الملی ماست. (منشور… ۱۸۹)
دین اسلام یک دین عقلانی است و ما باید در سیاست‌خارجی حکیمانه و مدبرانه و از موضع عزت حرکت کنیم. (راهبرد‌ها، ۴۶).
معنای عزت این است که جامعه و نظام اسلامی در هیچ یک ازبرخوردهای بین‌الملی خودف نباید طوری حرکت کند که منتهی به ذلت اسلام و مسلمین شود. در مورد حکمت نیز می‌گویند: یعنی نظام اسلامی باید حکیمانه کار کند و ازروی احساسات و بی‌توجه به منافع و شرایط و بهره‌هایی که ما بدی از رابطه با دنیا بگیریم حرکت نکند (منشور، ۱۸۳)
دیپلماسی انقلابی: یکی ازابزارهای اعمال و پیشبرد سیاست خارجی، دیپلماسی است به نظر آیت الله خامنه‌ای دیپلماسی جمهوری اسلایم ایران باید انقلابی باشد و انقلاب دیگری در دیپلماسی به آن است که ما مواضع اسلامی و انقلابی را قاطعانه و بدون رودربایستی و مرعوب شدن حفظ کنیم. دیپلماسی یک جنگ است همه دیپلمات‌ها مشغول جنگ‌اند و ارزش و تاثیر آن جنگ هم در مواردی بیشتر از جنگ نظامی است (حدیث، ۲ /۷۲ -۷۴) مواضع ایران در عرهص‌های دیپلماسی باید به صراحت اعلام شود (بیانات، ۲ /۵/۱۳۷۴).
دیپلماسی ابزار کارآمد اقتدار نظام سیاسی و دست توانای حل مشکلات کشور است. این دیپلماسی باید در مسیر ارمان‌های نظام اسلامی باشد (راهبرد‌ها، ۸۸-۸۹) در مقابل، دیپلماسی منفعل را بد‌ترین نوع دیپلماسی می‌دانند که دیپلماسی جمهوری اسلامی ایران به شدت باید از آن پرهیز کند (بیانات، ۲۵/۵/۱۳۷۹)
از دیگر محورهای مورد نظر آیت الله خامنه‌ای در سیاست خارجی رابطه با آمریکا بوده است. آیت الله خامنه‌ای در نخستین ماه‌های انتخاب به مقام رهبری انقلاب اسلامی صریحاً اعلام کردند ما تا زمانی که آمریکا سیاستهای زور، ظلم وخصومت را با جمهوری اسلامی ایران در پیش گیرد و از دشمنان ایران حمایت کند و روش‌های غلط خود را اصلاح نکند، با آن کشور رابطه برقرار نخواهیم کرد (بیانات، ۳۱/۵/۱۳۶۸، ۱۳/۸/۱۳۷۲) به نظر ایشان رابطه‌ی مذاکره با دولت آمریکا، به حال ملت ایران هیچ فایده‌ای ندارد زیرا هیچ صداقتی در گفتار و رفتار آنان وجود ندارد (خطبه‌ها، ۲۶/۱۰/۷۶).
مهم‌ترین مسئله در رابطه ایران و امریکا ارتباط آن به رژیم صهیونیستی است و تا زمانی که مبارزه با این رژیم ادامه دارد امکان برقراری رابه برابر و دوسیه با آمریکا وجود ندارد و یا بسیار سخت است (بیانات، ۱۲/۸/۱۳۷۸). آیت الله خامنه‌ای معتقدند که مذاکره با آمریکا در هر یک از از قضایایی که این دولت در آن برای خودش ایده و منفعیت تعریف کرده است.
هیچ فایده‌ای ندارد، زیرا این کشور مستکبر است و تسلیم نمی‌شود (بیانات، ۸/۸/۱۳۸۰). رهبر انقلاب اسلامی مبنائاً به مذاکره معتقدند؛ اما در مذاکره برای رسیدن به یک قدر مشترک، دو طرف باید همدیگر را قبول داشته باشند؛ یک حد وسطی هم وجود داشته باشد؛ مذاکره کنند تا به این حد وسط برسند. به نظر ایشان مذاکره باید از موضع قدرت و قوت باشد.
کسانی که در شاریط تهید دب هفکر مذاکره می‌افتند، ضعف خودشان را با صدای بلند اعلام می‌کنند. این حرکت بسیار غلطی است (بیانات ۲۷ /۱۲/۱۳۸۰). آیت الله خامنه‌ای هیچ وقت به مذاکره با آمریکا خوش‌بین نبوده‌اند و معتقد بوده‌اند که اختلافات ایران و‌امریکا بر سرمسائل ماهیتی و اساسی انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی است و دولت امریکا صریحا با نظام اسلامی، هویت اسلامی و ایمان اسلامی مردم ما اعلام مخالفت کرده است.
علتش این است که اسلام موجب شده تا یان ملت در مواضع خود مستقر و ثابت باشد و پابرجا بایستد و تسلیم آنها نشود (بیانات۱۱/۲/۱۳۸۱) رهبر انقلاب اسلامی می‌گویند هرگز نگفتیم ما تا ابد با امریکا قطع رابطه خواهیم کرد. هیچ دلیلی ندارم که تا ابد قطع رابطه با هرکشوری، با هر دولتی داشته باشیم. مسئله این است که شرایط این دولت به گونه‌ای است که رابطه با او برای ما ضرر دارد. انسان رابطه را با هر کشوری به دنبال تعریف یک منفعتی ایجاد می‌کند. آن روزی که رابطه با آمریکا مفید باشد، اول کسی که بگوید رابطه را ایجا بکنند، خود بنده هستم (بیانات، ۱۳/۱۰/۸۶).
آیت الله خامنه‌ای معتقدند که مرکز توطئه‌ها برضد نظام جمهوری اسلامی در ۳ دهه گذشته، آمریکا بوده است. با این حال، برای اثبات ماهیت آنها با مذاکره مستقیم با مقامات آمریکایی موافقت کردند (بیانات، ۱/۱/۱۳۹۲).
۷٫ پرونده هسته‌ای:
سیاست رهبری انقلاب اسلامی در پرونده هسته‌ای پافشاری بر موضع بر حق جمهوری اسلامی ایران است. آیت الله خامنه‌ای ضمن حرام دانستن تولید و استفاده از سلاح هسته‌ای، همواره برخلع سلاح هسته‌ای فراگیر و جهان شمول و اجرای کامل مفاد معاهده منع تکثر سلاح‌های هسته‌ای (ان. پی. تی) تاکید کرده‌اند (پیام‌ها، ۲۸/۱/۸۹؛ بیانات، ۱/۱/۱۳۸۴).
نرمش قهرمانانه به معنای مانور هنرمندانه برای بدست یافتن به مقصود است؛ به معنای این است که سالک راه خدا- در هرنوع سلوکی- به سمت آرمانهای گوناگون و متنوع اسلامی که حرکت می‌کند، به هر شکلی و به هر نحوی هست، باید از شیوه‌های متنوع برای رسیدن به مقصود استفاده کند (بیانات، ۲۹/۸/۹۲). نرمش قهرمانانه به معنای مانور هنرمندانه برای دست یافتن به مقصود است؛ به معنای این است که سالک راه خدا- در هر نوع سلوکی- به سمت آرمانهای گوناگون و متنوع اسلامی که حرکت می‌کند، به هر شکلی و به هر نحوی هست، باید از شیوه‌های متوع برای رسیدن به مقصود استفاده کند (بیانات، ۲۹/۸/۱۳۹۲). نرمش قهرمانانه یعنی قدرت مانور بین «اقتدار» و «انعطاف» ذیل ۳ اصل عزت، حکمت و مصلحت. رهبر انقلاب همچنین در طول مدت مذاکره تلاش داشتند تا ضمن تاکید بر حقوق هسته‌ای ایران، خطوط قرمز جمهوری اسلامی را نیز ترسیم کنند. خطوط قرمز وضع شده نه تنها به چراغ راهنمای تیم مذاکره کننده هسته‌ای تبدیل شد، بلکه به مثابه حصاری بود که طرف‌های غربی را نیز از نزدیک شدن به این موضوعات باز داشت. این رویکرد رهبری باعث شد تا تیم مذاکره کننده ایران با اطمنیان خاطر نقش فعال‌تر و پرتحرک‌تری در مذاکرات داشته باشند.
د-اقتصاد
آیت الله خامنه‌ای در شرایطی به مقام رهبری انقلاب اسلامی انتخاب شدند که هنوز کشور از بحران‌های اقتصادی وسیاسی، ناشی از جنگ تحمیلی، خارج نشده بود و به طور جدی نیازمند اقدامات اساسی برای بازسازی خرابی‌های ناشی از جنگ وسازندگی در زمینه امور زیربنایی بود.
در این مقطع، اختلاف نظر‌های موجود در میان گروه‌ها و شخصتی‌های سیاسی، پیرامون سیاستهای اقتصادی کشور که از دهه اول انقلاب اسلامی آغاز شده بود، همچنان ادامه داشت و مواضع اقتصادی افراد و گروه‌ها دست کم در دو دیدگاه اصلی مطرح بود؛ دیدگاه اول، متعلق به طرف‌دارانی اقتصاد دولتی بود که در آن همچنان بر ریاضت اقتصادی و سیاستهای کنترلی دوران جنگ، تاکید می‌شد.
دیدگاه دوم، متعلق به مخالفان تصدی‌گری دولت در اقتصاد بود. آنها بر این عقیده بودند که زمان تکیه بر سیاستهای دولتی پاین یافته است و باید با در خصوصی‌سازی و وارد کردن بخش خصوصی به فعالیت‌های اقصتادی و جذب سرمایه‌های خارجی، به توسعه اقتصادی دست یافت (شادلو، ۱۵۸-۱۵۹)
۱-اصول واولویت‌های اقتصادی آیت الله خامنه‌ای:
اندیشه اقتصادی آیت الله خامنه‌ای در دوران رهبری دارای سیر مشخصی بوده، و از اصول ثابتی پیروی نموده است. رویکرد اقتصادی ایشان در مجموع بر لزوم پیشرفت و توسعه کشور به همراه عدالت اقتصادی با در نظر داشتن ارزش‌ها و اصول اسلامی، مبتنی بوده است.
ایشان براین اساس بر اینگونه مور‌ها تاکید داشته‌اند: لزوم برنامع‌ریزی برای پیشرفت کشور، عدالت اجتماعی، توجه به محرومان، مبارزه با مفاسد اقتصادی، پرهیز از سراف و اشرافی‌گری، مبارزه با قاچاق کالا، تقویت تولید داخلی، خودکفایی در بخش کشاورزی، اهتمام به بخش صنعت و اشتغال، اقتصاد منهای نفت، انضباط اقتصادی و مالی، دریافت مالیات، اهتمام به حفظ ارزش پول ملی، مقابله با تورم و گرانی، توجه به سرمایه‌گذاری خارجی، سازندگی ونقد نظام سرمایه‌داری (منشو، ۹۷-۹۸)
۲- راهبردهای اقتصادی آیت الله خامنه‌ای:
الف. توصیه‌ها و رهنمود‌ها به مسئولین اجرایی: اصول و محورهای اشاره شده منجر به جامعیت برنامه‌های کلان و راهبردهایی شده است که طی چند سال گذشته در مقاطع مختلف، در قالب اسناد بالادستی نظام به دستگاه‌های اجرایی کشور ابلاغ شده است.
راهبردهای اقتصادی رهبر انقلاب اسلامی را می‌توان در دو قالب راهبردهای اقتصادی رهبر انقلاب اسلامی را می‌توان در دو قالب راهبردهای نظری، در سخنرانی‌ها، توصیه‌ها و مواضع، و راهبردهای عملی در سیاستهای کلی و ابلاغیه‌های رسمی سیاستهای اقتصادی بیان شده است.
این راهبرد‌ها با وجود سیاستهای متفاوت اقتصادی دولت‌ها، در سخنان، پیام‌ها و ابلاغیه‌هایی به فراخور شرایط و ویژگی‌های هر دولت، مدنظر بوده‌اند. در عین حال، ایشان انحراف در سیاست‌ها، برنامه‌ها و عملکرد‌ها از مسیر فوق را نیز با ارائه توصیه‌ها و تذکراتی یادآوری کرده‌اند. به عنوان نمونه، در دوره‌ای که بر سازندگی و توسعه اقتصادی تاکید می‌شد ایشان نیز سازندگی را درکنار حفظ روحیه انقلابی، تامین عدالت اجتماعی، پرهیز از رفاه‌زدگی، مادی‌گرایی، اشرافیت و اسراف مطرح می‌نمودند (حدیث ۷/۱۶۸- ۱۷۱). همچنین در دوره‌ای که اولویت دولت بیشتر متوجه مسائل سیاسی بود تا اقتصادی، ایشان با ابلاغ راهبردهای اقتصادی، دولت را به سمت برنامه‌ریزی صحیح اقتصادی جهت رفع مشکلات موجود از جمله اشتغال، حفظ ارزش پولی ملی و مبارزه با تورم و مفاسد اقتصادی هدایت می‌نمودند (بیانات ۲/۶/۱۳۷۸) در دولت‌های نهم و دهم که شعار گسترش عدالت اجتماعی مطرح شد، پرهیز از شتابزدگی و لزوم برنامه‌ریزی صحیح و توجه به الگوی اسلامی – ایرانی پیشرفت را برای رسیدن دولت به اهداف خود متذکر شدند.
در مجموع مسائلی چون عدالت اجتماعی، توجه به قشرهای اسیب‌پذیر، ضرورت صرفه جویی و پرهیز از اسراف، مبارزه با فساد اقتصادی و لزوم برنامه ریزی برای پیشرفت کشور همواره از دغدغه‌های اصلی ایشان در دوره‌های مختلف بوده است.
یکی از دغدغه‌های آیت الله خامنه‌ای اشنایی با مشکلات گوناگون در شهرهای مختلف کشور و بررسی آنها بوده است و بدین جهت، در طول دوران رهبری خود به همه استانهای کشور سفر کرده‌اند که هر یک منجر به تصمیمات و برنامه‌هایی به منظرو رفع مشکلات مختلف استانهای کشور، از جمله مشکلات اقتصادی شده است.
دیدگاه‌های اقتصادی آیت الله خامنه‌ای، برخاسته از نگاه دینی و برگرفته از اهداف و ارزشهای انقلاب اسلامی و خصوصا اولویت‌های مطرح شده از جانب امام خمینی بوده است. از جمله آنها می‌توان به این نکات اشاره کرد: حمایت از قشرهای ضعیف، لزوم توجه به عدالت اجتماعی، پرهیز از اسراف و مصرف گرایی در بین مردم و مسئولان ضرورت استقلال اقتصادی، تاکید بر تسریع در سازندگی و پیشرفت کشور، پیگیری و حرکت در جهت اهداف اولیه انقلاب اسلامی و آموزه‌های امام خمینی، تاکید مضاعف بر ضرورت برنامه ریزی در امور کشور و پرهیز از تصمیمات مقطعی و عجولانه در مساول مختلف، راهبردهای اقتصادی با هویت ملی و آموزه‌های دینی نیز همواره از سوی ایشان توصیه شده است تا جایی که ایشان توسعه اقتصادی به معنای رشد مادی، بدون توجه به معنوایت و اخلاق را کم ارزش دانسته‌اند.
ب. تعیین چارچوب برای اسناد بالادستی و راهبردی: چارچوب اصلی برنامه‌های میان‌مدت و بلند مدت راهبردی کشرو به عنوان اسناد بالادستی نظام که با هدف اصلاح و ساماندهی وضعیت اقتصادی کشور تدیون شده‌اند، توسط رهبر انقلاب اسلامی تعیین داشته است.
از جمله مهم‌ترین برنامه‌های راهبردی می‌توان به این موارد اشاره کرد: برنامه‌های پنج ساله توسع کشور، سیاستهای کلی نظام جمهوری اسلامی در عرصه‌های مختلف، فرمان هشت ماده‌ای مبارزه با مفاسد اقتصادی، چشم انداز بیست ساله کشور، سیاستهای کلی اصل ۴۴ قانون اساسی، اعلام مولفه‌های دهه پیشرفت و عدالت و اقتصاد مقاومتی، از سیاستهای اقتصادی مورد نظر آیت الله خامنه‌ای می‌توان به‌ای نموارد اشاره کرد: کمک به طبقات محروم و نزدیک شدن به عدالت اجتماعی، رونق اقتصادی و تلاش برای سازندگی به عنوان مقدمه عدالت اجتماعی (نامه به حجت الاسلام و المسلمین هاشمی رفسنجانی جهت تعیین چهارچوب سیاستهای نظام در برنامه دوم، ۱۸/۸/۱۳۷۸)؛ افزایش بهره‌وری ملی؛ گسترش هر چه بیشتر صادرات غیرنفتی به منظور کاهش اتکای اقتصاد به نفت؛ انتخاب سیاستهای محوری از قبیل کشاورزی و بی‌نیازی نسبی از دیگران در تامین امنیت غذایی جامعه؛ ایجاد زمینه‌های توجه به استعداد‌ها و ظرفیت‌های طبیعی وجغرافیایی کشور؛ تامین امنیت کامل برای سرمایه گذاری مشروع؛ جلوگیری از پیدایش فساد، ارتشاء، انحصار و ثروت‌های حرام (پیام به رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام برای رسیدگی به موارد پیشنهادی دولت، ۱۹/۱/۱۳۷۸)؛ اقدامات اساسی برای تدوین الگوی توسعه ایرانی- اسلامی با هدف رشد و بالندگی افراد بر مدار حق و عدالت و دستیابی به جامعه‌ای متکی بر ارزشهای اسلامی و انقلابی و تحقق شاخص‌های عدالت اجتماعی و اقتصادی، توسط قوای سه گانه (ابلاغ سیاستهای کلی برنامه پنجم توسعه توسط رهبر معظم انقلاب، ۲۱/۱۰/۱۳۸۷)؛ ایجاد رفاه عمومی و رونق اقتصادی و زمینه‌سازی برای عدالت اجتماعی و اقتصادیاز بین بردن فقر در کشور؛ یکسان و عادلانه بودن شرایط فعالیت اقتصادی برای بخشهای دولتی، تعاونی و خصوصی، در شرایط عادی؛ بهینه سازی مصرف؛ جایگزینی صادرات فراورده‌های نفت و گاز و پتروشیمی به جای صدرو نفت خام و گاز طبیعی؛ ایجاد تنوع در منابع انرژی کشور و تلاش برای کسب فناوری و دانش هسته‌ای و ایجاد نیروگاه‌های هسته‌ای (نامه به سران قوای سه گانه و ابلاغ سیاستهای کلی نظام، ۲۰ /۱ /۱۳۷۹)؛ مبارزه با مفاسد اقصتادی، مقابله با مفسدان و سواستفاده‌کنندگان از امکانات حکومتی در قالب فرمان هشت‌ماده‌ای؛ سپردن کار به افراد مطمئن و برخوردار از سلامت و امانت؛ شناسایی نقاط آسیب پذیر در فعالیت‌های اقتصادی دولتی کلان؛ عدم تبعیض و عدم رفتار شعاری و تبلیغاتی و تظاهر گونه در امر مبارزه با فساد در قالب فرمان هشت ماده‌ای (به سران قوا، ۱۰ /۲/۱۳۸۰)؛ تاکید بر ضرورت تدیون برنامه چشم انداز بیست ساله جمهوری اسلامی ایران در افق ۱۴۰۴ هجری شمسی و ابلاغ برنامه تدوین شده در این زمینه به سران قوای سه گانه در ۱۳ ابان ۱۳۸۲ (ابلاغ سند چشم انداز بیست ساله، ۱۳/۸/۱۳۸۲)؛ ابلاغ سیاستهای کلی اصل ۴۴ قانون اساسی.
سیاستهای محوری این ابلاغیه عبارت بودند از: شتاب بخشیدن به رشد اقتصادی ملی؛ گسترش مالکت در سطح عمم مردم به منظور تامین عدالت اجتماعی؛ ارتقا کارایی بنگاه‌های اقتصادی؛ و بهره‌وری منابع مادی، انسانی و فناوری، افزایش رقابت پذیری در اقتصاد ملی؛ افزایش سهم بخشهای خصوصی و تعاونی در اقتصاد مالی، کاستن از بار مالی و مدیریتی دولت در تصدی فعالیت‌های اقتصادی، افزایش سطح عمومی اشتغال؛ تشویق قشرهای مردم به پس انداز و سرمایه گذاری و بهبود درآمد بنگاه‌های اقتصادی؛ و بهره‌وری منابع مادی، انسانی و فناوری، افزایش رقابت‌پذیری در اقتصاد ملی؛ افزایش سهم بخشهای خصوصی و تعاونی در اقتصاد ملی؛ کاستن از بار مالی و مدیریتی دولت در تصدی فعالیت‌های اقتصادی، افزایش سطح عمومی اشتغال؛ توشیق قشرهای مردم به پس انداز و سرمایه‌گذاری و بهبود درآمد خانوار‌ها (ابلاغ سیاستهای کلی اصل ۴۴ قانون اساسی، ۲ / ۲ /۱۳۸۴)
از دیگر ا قداماتی که به نوعی خط مشی گذاری سالیانه در زمینه‌های مختلف سیاسی، اقتصادی و فرهنگی محسوب می‌شود، نام گذاری هر سال بنا بر اولویت‌های نیاز کشور بوده است. این نام گذاری که در اول هر سال و در پیام نوروزی ایشان اعلام شده است. در واقع خود به نوعی بیان مسائل و اولویت‌های کشور با هدف جلب اذهان مسئولان و مردم برای برنامه ریزی در سطح خرد و کلان بوده است. مهم‌ترین مسائل اقتصادی که طی این سال‌ها در پیام‌های نوروزی مدنظر ایشان بوده است. عبارتند از: پرهیز از اسراف و مصرف گرایی، (۱۳۷۱ ش)، انضباط اقتصادی و مالی (۱۳۸۴، ش)، مبارزه با اسراف (۱۳۷۵ش)، پرهیز از اسراف (۱۳۷۶ش) ضرورت صرفه جویی مردم و دولت (۱۳۷۸ش)، ضرورت حل مشکلات معیشتی مردم (۱۳۷۹ش)، برنامه ریزی برای اشتغال، (۱۳۸۰ش)؛ ایجاد اشتغال و مبارزه با فشاد (۱۳۸۱ ش)، برنامه ریزی برای بنای یک جامعه برخوردار از رفاه (۱۳۸۶ ش)، اصلاح الگوی مصرف (۱۳۸۸ ش)، همت مضاعف و کار مضاعف (۱۳۸۹ ش)، جهاد اقتصادی (۱۳۹۰ ش)، تولید ملی، حمایت از کار و سرمایه ایرانی (۱۳۹۱ش)، و حماسه سیاسی و حماسه اقتصادی (۱۳۹۲ ش) اشاره نمود (پایگاه، بشـ)
همچنین یکی از مهم‌ترین مسائل اقتصادی که در ۱۳۹۱ ش، نظام با آن مواجه شد، تشدید تحریم‌های اقتصادی از سوی کشورهای غربی خصوصا آمریکا با هدف تحت فشار قرار دادن جمهوری اسلامی ایران در مسیر هسته‌ای شدن بود. در این میان، یکی از راهکارهایی که آیت الله خامنه‌ای برای کاهش فشارهای ناشی از این تحریم‌ها، همزمان با حرکت عادی کشور به سمت توسعه و پیشرفت اعلام کردند. سیاست «اقتصاد مقاومتی» بود.
ایشان اقتصاد مقاومتی را به منای حصار کشیدن دور خود و انجام دادن کارهای تدافعی نمی‌دانند، بلکه آن را اقتصادی می‌دانند که در شرایط فشار، تحریم، دشمنی و خصومت شدید، تضمین کننده رشد و شکوفایی کشور است (بیانات، ۱۶/۵/۱۳۹۱).
از این رو، اقتصاد مقاومتی را، تنها راه ادامه روند پیشرفت کشور دانستند. برخی از مولفه‌های این سیاست از این قرار است: استفاده از همه ظرفیت‌های بخشهای دولتی و غیردولتی، اهتمام جدی به حل مشکلات معیشتی مردم، مبارزه با مفاسد اقتصادی، حمایت از تولید ملی و مبارزه با اسراف (بیانات، ۲ /۶ /۱۳۸۲)
یکی از موضوعات مهمی که آیت الله خامنه‌ای مطرح و تبیین کرده‌اند سبک زندگی است. ایشان سبک زندگی را متناسب اب نگاه اسلام و در ارتباط با باز آفرینی تمدن اسلامی مطرح کردند. به نظر ایشان نوع زندگی انسان مسلمان ایرانی باید بتواند خصلت‌های والای انسانی ار ایجاد کند تا ارتباط دل‌ها با خدا برقرار و محفوظ بماند. (بیانات، ۱۸/۲/۱۳۹۲)
هـ فرهنگ
آیت الله خامنه‌ای به عنوان یکی از شخصتی‌های برجسته فرهنگی کشور، فرهنگ را همواره جزو اساسی‌ترین مسائل کشور به شمار آورده‌اند (بیانات، ۹ / ۱۲/ ۱۳۷۹) و مردم و مسئولان را به هوشیاری و چاره‌اندیشی برای حفظ استقلال فرهنگی که صیانت از آن از همه جنبه‌های استقلال سخت‌تر است، فراخوانده‌اند (بیانات، ۲۰/۹/۱۲۷۰) رهبر معظم انقلاب اسلامی معتقدند که فرهنگ و باورهای ملی یک ملت عامل اصلی هویت، پویایی و حایت آن است و با تکیه بر آن می‌توانند در مسیر پیشرفت و توسعه گام بردارند. به همین سبب، در طول تاریخ، استعمار برای غلبه بر ملت‌ها، سعی کرده است بینان‌های فرهنگی آنان را از بین ببرد (بیانات، ۱۱/۷/۱۳۶۹، ۲۱/۵/۱۳۷۱)
مفاهیمی چون انقلاب فرهنگی، تحول فرهنگی و بازگشت به فرهنگ دینی در مواضع و رهنمودهای رهبر انقلاب اسلامی مکرر مطرح شده است و ایشان همواره نسبت به تهاجم فرهنگی، جنگ نرم، ناتوی فرهنگی و شبیخون فرهنگی که ضربه فرهنگی دشمن به فرهنگ انقلاب اسلامی است. هشدار داده‌اند.
در حوزه داخلی نیز صیانت از فرهنگ اسلامی از اسیب‌های احتمالی ناشی از کارکرد گفتمان‌های حاکم بر دولت‌های جمهوری اسلامی ایران، بخش دیگری از اقدامات رهبر انقلاب اسلامی در ارتباط با مقوله فرهنگ بوده است. با توجه به ناکامی دشمنان نظام جمهوری اسلامی در جبهه نظامی در طول جنگ تحمیلی، در سالهای پس از پایان جنگ، جنگ نرم و تهاجم فرهنگی به راهبرد اصلی برای مقابله با انقلاب اسلامی تبدیل شد که آیت الله خامنه‌ای برای نشان دادن وسعت و اهمیت آن، از آن به عنوان شبیخون فرهنگی و ناتوی فرهنگی نام بردند.
در منظر آیت الله خامنه‌ا ی فرهنگ و مسائل فرهنگی از مسائل اقتصادی، صنعتی، کشاورزی و جز آن مهم‌تر است؛ زیرا همه اینها بدون اهتمام به مسائل فرهنگی ناکام می‌ماند (فرهنگ: مسائل…، ۲۳) وفرهنگ در رشد و شکوفایی همه امور جامعه تاثیر دارد (حدیث، ۲/۴۱). به نظر آیت الله خامنه‌ای استقلال یک ملت به جز با استقلال فرهنگی تامین نمی‌شود (همان، ۳/۶۱)، زیرا سلطه واقعی قدرت‌ها، سلطه فرهنگی است (همان، ۴/۵۰-۵۱)
دیدگاه‌ها و اقدامات رهبر انقلاب اسلامی در عرصه فرهنگ شامل این موارد است: الف- تبیین مواضع و رهنمودهایی در مورد تهدیدات و آسیب‌های فرهنگی که جامعه اسلامی را هدف گرفته است. ایشان از این تهدیدات با عناوینی چون تهاجم فرهنگی، شبیخون فرهنگی، غارت فرهنگی، ناتوی فرهنگی و تهدید نرم به فراخور شرایط استفاده کرده، و هر کدام را به وضوح تبیین کرده‌اند. ب- تبیین مواضع و رهنمودهایی در مورد وضعیت موجود که به دلیل عدم توجه و یا غفلت از آسیب‌ها و تهدیدهای فرهنگی پیش امده است.
ایشان در این باره عباراتی چون غرب گرایی، غرب زدگی، تجمل گرایی، مصرف گرایی، استحاله فرهنگی و جمود فرهنگی را به مقتضای زمان مطرح و تبیین کرده‌اند. ج- تبیین مواضع و رهنمودهایی در مورد طراحی، برنامه ریزی و مدیریت فرهنگی جامعه برای برون رفت از وضعیت نامناسب فرهنگی و رسیدن به الگوی مناسب و متناسب با یک جامعه واقعا اسلامی، در این مورد هم عبارات و مفاهیمی چون مهندسی فرهنگی، الگوی ایرانی- اسلامی پیشرفت، سبک زندگی و جز آن، مطرح گشته و برای تحقق ان پیگیری و سعی شده است. (پایگاه، بشـ).
آیت الله خامنه‌ای به کتاب و کتاب خوانی نیز توجه قابل ملاحظه‌ای داشته‌اند. بازدید از نمایشگاه‌های کتاب همراه با دقت و بحث و بررسی، مطالعه و حتی یادداشت نویسی روی برخی از مهم‌ترین آنها، شرکت در همایش‌ها و نمایشگاه‌های قرآنی، بازدید از اماکن فرهنگی و مذهبی، دیدار‌ها و جلسات مستمر با شعرا، نویسندگان، اهل قلم، اصحاب رسانه، فیلم سازان، هنرمندان، نهاد‌ها، موسسات و شخصیت‌های فرهنگی، دانشجویان، طلاب علوم دینی، استادان حوزه و دانشگاه بخش دیگری از توجه ایشان به عرصه فرهنگ است.
۱٫ هنر: آیت الله خامنه‌ای هنر را فاخر‌ترین و ارزشمند‌ترین قسمت جان انسانی (بیانات، ۱۳۸۰٫ ۰۵٫ ۰۱) و بهترین وسیله و ابزار برای انتقال مفاهیم می‌دانند (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۰۸٫ ۰۱) ایشان هنر را عطیه الهی و زبان رسا برای خدمت به انقلاب و اسلام و ابزاری موثر برای تعالی افکار مردم می‌دانند و به هنرمندان توصیه می‌کنند که هنر را اب حفظ تعالی آن، به میان مردم ببرند و در ذهن و دل آنها وارد کنند و مانع آمیختگی ان با مظاهر زیان بار فرهنگ بیگانه شوند (حدیث، ۲۹۰٫ ۱)
ایشان بر این باورند که هنرمند حقیقت را بهتر و زود‌تر از دیگران می‌فه‌مند و هنر حقیقی در کشور ما جایگاه رفیعی دارد و می‌تواند فکر صحیح و تفکر انقلاب و تفکر توحیدی را بر فضای جامعه مسلط کند و به تعمیق آن بپردازد (همان، ۳۱۳٫ ۲-۳۱۵). انقلاب وقتی می‌تواند خودش را در قالب هنر بیاورد که هنرمند خودی داشته باشد به نظر ایشان اسلام با هنر آغاز می‌شود و قرآن یک اثر هنری فوق بشری است (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۰۷٫ ۱۵) رهبر انقلاب اسلامی در تبیین هنر صحیح، هنر برای هنر را رد می‌کنند و معتقدند که هنر باید در خدمت هدفی باشد بر این مبنا، هدف هنر در نظام جمهوری اسلامی ایران را انعکاس و تبیین مقدسات و ارزشهای والای اسلام و انقلاب اسلامی می‌دانند (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۰۸٫ ۲۹).
در تبیین وجه دیگری از هنر، ان را توان و تعبیر رسایی از تخیلات ظریف انسانی می‌دانند و می‌گویند: اگر هنر نبود، بسیاری از مافی الضمیر انسان، ناگفته و توصیف نشده باقی می‌ماند (بیانات، ۱۳۷۶٫ ۱۱٫ ۱۴) آیت الله خامنه‌ای زبان هنر را رسا‌تر از زبان علم و موعظه می‌دانند و یکی از رازهای موفقیت قرآن را هنری بودن ان معرفی می‌کنند (بیانات، ۱۳۷۷٫ ۰۲٫ ۰۷) هنر دینی را آن هنری می‌دانند که بتوانند معارفی را که همه ادیان الهی، به ویژه دین مبین اسلام به نشر آن در بین انسان‌ها همت گماشته، و جان‌های پاکی در راه نشر حقایق آن نثار شده است، نشر دهد و در اذهان ماندگار سازد.
همچنین، هنر دینی را مجسم کننده و ارائه کننده آرمانهای دین اسلام می‌داند که سعادت انسان، حقوق معنوی انسان، اعتلای انسان، تقوا و پرهیزگاری انسان و عدالت جامعه انسانی را تأمین کند (بیانات، ۱۳۸۰٫ ۰۵٫ ۰۱) براین مبنا، ایشان هنر را بهترین وسیله برای تبلیغ می‌دانند (بیانات، ۱۳۷۷٫ ۰۴٫ ۱۷).
همچنین رهبر انقلاب اسلامی شعر را یکی از شعب ممتاز هنر می‌شناسند (بیانت، ۱۳۷۵٫ ۱۲٫ ۲۲) جهت گیری‌های کلی و نقاط تأکید رهنمودهای ایشان در مورد هنر عبارتند از: جایگاه والای هنر، نقش هنر در نشر ارزش‌ها، ارائه طریق به هنرمندان انقلابی، اهمیت هنر دفاع مقدس، آسیب‌شناسی هنر انقلاب، جایگاه هنر در ارتقا و تعالی جامعه، لزوم قرار گرفتن هنر در خدمت معنویت، هنر دینی و هنر متعهد (از تهاجم…، ۱۱-۱۵).
۲٫ زبان فارسی: ایت الله خامنه‌ای در مورد اهمیت و جایگاه زبان فارسی معتقدند که هر کس به معارف بشری علاقه‌مند باشد، باید برای زبان فارسی ارج و مرتبتی خاص قائل باشد، زیرا این زبان پرظرفیت، شیرین، رسا، و زیبان توانسته است بخش عظیمی از مناطق جغرافیایی جهان را تحت تسلط و سیطره معنوی خود درآورد و با نفوذ معنوی، کارایی، شیوایی و قدرت بلاغت خود در دل ملت‌ها جا باز کند و برای آنان فرهنگ، دین، معرفت و تمدن به ارمغان بیاورد به نظر ایشان ارج و مقام دیگر زبان فارسی در این است که جایگاه مهم و وزینی در گسترش اسلام و تمدن اسلامی داشته است زبان فارسی آهنگ موسیقیایی زیبایی دارد و از انعطاف، روانی و کشش بسیار بالایی برخوردار است. این زبان دلنشین و به دور از خشونت است (بیانات، ۱۳۷۷٫ ۱۲٫ ۱۲)
و- علم و فناوری
میزان تولید علم و بهره‌مندی از فناوری و تجاری سازی علم به طور مکرر و موکد از سوی آیت الله خامنه‌ای مطرح گردیده است. ایشان به اهمیت و جایگاه علم، توسعه علمی، جنبش نرم افزاری، تحول در علوم انسانیف کرسی‌های آزاداندیشی و… در حوزه نظری و عملی توجه نشان داده‌اند و آن مفاهیم را تبیین کرده‌اند و سعی کرده‌اند جامعه علمی را به ان سوی سوق دهند. ایشان اهمیت این موضوع را بیش از هر زمانی هنگام طراحی برنامه‌های راهبردی کشور، مورد تأکید قرار داده‌اند.
۱٫ جایگاه توسعه علمی و پژوهشی در اسناد بالادستی: تهیه نقشه جامع علمی کشور به عنوان یکی از سندهای بالادستی نظام برای توسعه علمی کشور مورد اهتمام ایشان بوده است (بیانات، ۱۳۸۵٫ ۰۵٫ ۲۳، ۱۳۷۶٫ ۰۶٫ ۱۲) جایگاه علم و فناوری، در سیاستهای کلان کشور که چهارچوب اصلی آن از سوی رهبر معظم انقلاب تعیین و ابلاغ شده، اهمیتی دو چندان یافته است، به گونه‌ای که در سیاستهای کلی برنامه‌های سوم، چهارم و پنجم توسعه کشور مورد توجه ویژه قرار گرفته است. ایشان در سیاستهای کلی برنامه سوم توسعه، بر توجه به پرورش و شکوفایی استعداد‌ها، تشویق خلاقیت و نواوری علمی و تقویت امر پژوهش و بالا بردن توان علمی و فناوری کشور تأکید نموده‌اند (ابلاغ سیاستهای کلی برنامه سوم، ۱۳۷۸٫ ۰۳٫ ۰۱) همچنین در سیاستهای کلی برنامه چهارم بر این موارد تأکید کرده‌اند: سازمان دهی و بسیج امکانات و ظرفیت‌های کشور در جهت افزایش سهم کشور در تولیدات علمی جهان؛ تقویت نهضت نرم افزاری، کسب فناوری، به ویژه فناوری‌های نو شامل ریز فناوری، فناوری‌های زیستی، اطلاعات و ارتباطات زیست محیطی، هوا-فضا، تقویت امنیت ملی با تأکید ورزیده‌اند: تحول در نظام اموزشی عالی و پژوهش، افزایش بودجه تحقیقات و پژوهش، دستیابی به جایگاه دوم علمی و فناوری در منطقه و تثبیت آن در برنامه پنجم، ارتباط موثر بین دانشگاه هاو مراکز پژوهشی با صنعت، توانمدسازی بخش غیردولتی برای مشارکت در تولید علم و فناوری، دستیابی به فناوری‌های پیشرفته مورد نیاز، تحول در نظام اموزش و پرورش، تحول و ارتقای علوم انسانی از طریق تقویت جایگاه و منزلت این علوم، جذب افراد مستعد و با انگیزه، اصلاح و بازنگری در متون و برنامه‌ها و روش‌های آموزشی، ارتقای کمی و کیفی مراکز و فعالیت‌های پژوهشی و ترویج نظریه‌پردازی، نقد و آزاد اندیشی، گسترش حمایت‌های هدفمند مادی و معنوی از نخبگان و نوآوران علمی و فناوری (ابلاغ سیاستهای کلی برنامه پنجم توسعه، ۱۳۸۷٫ ۱۰٫ ۲۱).
در ابلاغیه سیاستهای کلی نظام داری، بر ضرورت دانش گرایی در نصب و ارتقای مدیران، ایجاد زمینه رشد معنوی منابع انسانی و بهسازی و ارتقای سطح دانش، تخصص و مهارت‌های آنان، توسعه نظام اداری الکترونیک و فراهم آوردن الزامات آن به منظور ارائه مطلوب خدمات عمومی، دانش بنیان کردن نظام اداری از طریق به کارگیری اصول مدیریت علمی و یک پارچه سازی اطلاعات با تکیه بر ارزشهای اسلامی تأکید نموده‌اند (ابلاغ سیاستهای کلی نظام اداری، ۱۳۸۹٫ ۰۱٫ ۳۱).
۲٫ توسعه علمی: آیت الله خامنه‌ای مسئله علم را جزو اولویت‌های درجه اول کشور اعلام نموده‌اند (بیانات، ۱۳۸۱٫ ۰۸٫ ۲۲) و کوشش در میدان علم را نوعی جهاد در راه خدا دانسته‌اند (بیانات، ۱۳۸۱٫ ۱۲٫ ۰۶) دغدغه اصلی ایشان اهمیت دادن به علوم پایه و محض، پژوهش و فراهم آوردن بستر مناسب برای رشد علمی و فکری بوده است (بیانات، ۱۳۸۱٫ ۰۷٫ ۰۳) ایشان پیشرفت کشور را نیز منوط به توجه به علم می‌دانند و معتقدند که همه راه‌های پیشرفت کشور، منتهی به پیشرفت علمی است. پیشرفت علمی، باعث پیشرفت فناوری شده و پیشرفت فناوری هم کشور را رونق می‌دهد (بیانات، ۱۳۸۳٫ ۰۹٫ ۱۱) از نظر ایشان علم در یک ملت عزت نفس و اعتماد به نفس می‌آفرینند و این موجب می‌شود که این ملت کارهای بزرگ انجام دهد و در میدان‌های دشوار قدم گذارد (بیانات، ۱۳۸۳٫ ۱۰٫ ۱۷) با اقتدار علمی است که یک ملت می‌تواند سخن خود را به گوش جهانیان برساند و سیاست بر‌تر و دست بالا و والا را در دنیای سیاسی حائز شود (بیانات، ۱۳۸۴٫ ۱۰٫ ۲۹)
ایشان پیشرفت کشور، عزت و هویت ملی و اسلامی را وابسته به کار جدی در امر دانش و پژوهش می‌دانند (بیانات، ۱۳۸۶٫ ۰۷٫ ۰۹) همچنین پژوهش، نوآوریف جنبش نرم افزاری، ارتباط صنعت و دانشگاه را رکن بلند مدت امنیت کشور می‌شمارند (بیانات، ۱۳۸۸٫ ۰۶٫ ۰۴) مرجعیت علمی جمهوری اسلامی ایران یکی از مهم‌ترین اهدافی است که رهبر انقلاب اسلامی برای پیشرفت علمی کشور تعیین کرده‌اند (بیانات، ۱۳۸۴٫ ۰۲٫ ۱۴) مرجعیت علمی دو محور اصلی دارد: ۱٫ ایرانیان در صدر نام آوران عرصه فناوری و علم در دنیا قرار گیرند (بیانات، ۱۳۸۳٫ ۱۰٫ ۱۷)
۲٫ اگر کسی خواست به اخرین دستاوردهای علمی دست پیدا کند، ناچار به یادگیری زبان فارسی باشد (بیانت، ۱۳۸۴٫ ۰۲٫ ۱۴، ۱۳۸۶٫ ۰۶٫ ۱۲، ۱۳۸۵٫ ۰۸٫ ۱۸) در اندیشه ایشان، شناخت ظرفیت بالای کشور، همت و تلاش بالا و گم نکردن راه، از اصلیترین عوامل تحقق مرجعیت علمی است (بیانات، همان تاریخ) آیت الله خامنه‌ای فراگیری علم و دانش را به قدری دارای اهمیت و ضروری می‌دانند که معتقدند اگر علم در اختیار دشمن ما هم باشد، بدون تأثیرگذاری از دشمن، باید ان را فراه گرفت. (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۰۳٫ ۲۸). از این روی، معتقدند براساس آموزه‌های اسلام، تعلیم و تعلم از هر کسی مهم است، ولی نباید این موضوع به یک تبادل ناسالم علمی و فرهنگی، همچون روالی که در رژیم شاهنشاهی گذشته روی داد، تبدیل شود (بیانات، ۱۳۷۱٫ ۰۲٫ ۰۹) به نظر ایشان باید از دانش دیگران برای جوشیدن استعدادهای موجود در کشور استفاده نمود (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۰۹٫ ۱۲).
به نظر ایشان تلاش در جهت رشد و توسعه علمی باید به جایی برسد که تا ۵۰ سال اینده، کشور ایران به صادر کننده علم به سراسر دنیا و یکی از مراجع علمی تبدیل شود (بیانات، ۱۳۷۱٫ ۰۹٫ ۰۷) به نظر ایشان باید از دانش دیگران برای جوشیدن استعدادهای موجود در کشور استفاده نمود (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۰۹٫ ۱۲).
به نظر ایشان تلاش در جهت رشد و توسعه علمی باید به جایی برسد که تا ۵۰ سال آینده، کشور ایران به صادر کننده علم به سراسر دنیا و یکی از مراجع علمی تبدیل شود (بیانات، ۱۳۸۱٫ ۰۹٫ ۰۷) و زبان فارسی نیز زبان علم دنیا شناخته شود (بیانات، ۱۳۸۴٫ ۰۱٫ ۳۰) ایشان معتقدند که باید در همه زمینه‌ها، چه علوم طبیعی و چه علوم انسانی، علم تولید شود و اتصال علم به صنعت نیز محقق شود (بیانات، ۱۳۸۲٫ ۰۵٫ ۱۵).
۳٫ بستر سازی برای پرورش نخبگان: بسترسازی برای پرورش نخبگان و شناسایی استعدادهای نخبه، از مسائلی است که مورد تأکید رهبر انقلاب اسلامی بوده است (بیانات، ۱۳۸۳٫ ۰۷٫ ۰۵). ایشان نخبگان را ثروت‌های ملی (پرسش و پاسخ در جمع دانشجویان و استادان دانشگاه صنعتی امیرکبیر، ۱۳۷۹٫ ۱۲٫ ۰۹) و سرمایه‌های معنوی (بیانات، ۱۳۸۴٫ ۰۲٫ ۱۴) می‌دانند و به همین دلیل بر توجه ویژه مسئولین کشور به نخبگان همواره تأکید خاصی داشته‌اند. بر همین اساس، تشکیل بنیاد ملی نخبگان از اقداماتی بود که با پیگیری‌های خاص ایشان شکل گرفت.
۴٫ حمایت همه جانبه از تحقیق: آیت الله خامنه‌ای معتقدند که باب تحقق را بایستی باز گذاشت و دستگاه‌های مختلف، کارخانجات صنعتی و مدیران خصوصی و دولتی صنعتی بر روی مسئله تحقیق باید خیلی تلاش کنند تا بدین طریق، صنایع بتوانند در رقابت با رقبای پیشرفته، حفظ شوند (بیانات، ۱۳۸۹٫ ۰۱٫ ۰۹) ایشان بر ضرورت جهت دهی به تحقیقات تأکید دارند و معتقدند که تحقیقات باید بتواند در جهت مشخصی مدیریت شوند و پراکندگی باید بتواند در جهت مشخصی مدیریت شوند و پراکندگی در کار تحقیقات باعث کم فایده شدن آن خواهد شد (بیانات، ۱۳۸۰٫ ۰۹٫ ۱۹) بر همین اساس، مهم‌ترین راهکارهایی که در این مسیر بیان نموده‌اند، لزوم کمک و پشتیبانی در خصوص ایجاد شهرک‌های علمی و تحقیقاتی در کشور (بیانات، ۱۳۸۰٫ ۰۹٫ ۱۹)، تأسیس پارک‌های علم و فناوری (بیانات، ۱۳۸۵٫ ۰۵٫ ۲۳) و یا ایجاد مجلات I. S. I اسلامی، جهت درج مقالات علمی پژوهشگران داخلی بوده است (بیانات، ۱۳۸۴٫ ۰۷٫ ۰۳)
۵٫ خودکفایی علمی و ضرورت تحول در علوم انسان: ایت الله خامنه‌ای ضمن تأکید بر اجتناب از علم، فرهنگ و اندیشه ترجمه‌ای، معتقدند نباید بدون بهره گیری از خرد، تحلیل و درک و فهم داخلی، مرعوب موجب تبلیغاتی جهان غرب شد و به علم، ایده و فکر ترجمه‌ای روی آورد (بیانات، ۱۳۸۲٫ ۰۹٫ ۲۶). از این روی، ایشان تقلید و ترجمه بدون نوآوری را نه پیشرفت، بلکه پسرفت می‌دانند و بر علم درون زا به عنوان عامل اقتدار کشور تأکید نموده‌اند. (بیانات، ۱۳۸۵٫ ۰۸٫ ۱۸).
ایشان به جای ترجمه، راه اقتباس علمی را پیشنهاد می‌کنند (بیانات، ۱۳۸۱٫ ۰۷٫ ۰۳). یکی از ضروریات در تحول علمی کشور از نگاه آیت الله خامنه‌ای، تحول در علوم انسانی است. جهت گیری علوم انسانی باید به سمت اسلامی شدن و امیخته شدن محیط دانشگاه‌ها با مفاهیم اسلامی باشد. ایشان معتقدند روند نزدیک شدن به اهداف انقلاب اسلامی باید خود را در دانشگاه‌ها، کتاب‌های دانشگاهی، استادان و فضای دانشگاه نشان دهد (بیانات، ۱۳۷۱٫ ۰۹٫ ۱۰) به نظر ایشان حوزه علوم انسانی نیازمند نظریه‌پردازی است (بیانات، ۱۳۸۷٫ ۰۲٫ ۱۴) و موارد و مفاهیم اساسی شکل دهنده به علومی چون حقوق، اقتصاد، سیاست و دیگر بخشهای اساسی علوم انسانی، با تحقیق و نوآوری در داخل، قابل تولید است و در این مسیر حوزه و استادان مومن و معتقد به اسلام می‌توانند با جست‌و‌جو و تفحص در این مورد اقدام نمایند (بیانات، ۱۳۸۲٫ ۰۸٫ ۰۸) ایشان در خصوص چگونگی بهره گیری علوم انسانی اسلامی از علوم انسانی غربی معتقدند اگر تلفیق این دو، به معنای مجذوب شدن، دلباخته شدن و مغلوب شدن در مقابل علوم انسانی غربی نباشد، اشکالی ندارد (بیانات، ۱۳۸۴٫ ۱۰٫ ۲۹).
۶٫ ضرورت شکل گیری جنبش نرم افزاری در کشور: یکی از نکات مهمی که آیت الله خامنه‌ای خصوصا از اوایل سال ۱۳۸۰ ش بر ان تأکید بسیار داشته‌اند موضوع جنبش نرم افزاریف به معنای ایجاد جنبش و حرکتی عظیم در زمینه علم، تولید علم و شکستن مرزهای علم بوده است (بیانات، ۱۳۸۳٫ ۱۰٫ ۱۷) ایشان معتقدند در نهضت نرم افزاری، نباید به فراگیری قانع بود و باید هدف تحقیق و آموزش، تولید علم و رسیدن به جایی باشد که نوآوری‌های علمی از ان شروع شود (بیانات، ۱۳۸۲٫ ۰۸٫ ۰۸) همچنین خارج شدن از حالت تقلیدی و ترجمه‌ای (بیانات، ۱۳۸۲٫ ۰۸٫ ۱۵) و لزوم بالا رفتن توجه و حساسیت مردم، نسبت به مقولاتی چون علم، امنیت، پرورش نخبگان، اقتدار ملی، کار و ابتکار گره گشا و پیش برنده را از دیگر ویژگی‌های نهضت نرم افزاری برشمرده‌اند (بیانات، ۱۳۸۳٫ ۰۹٫ ۱۱)
۷٫ توجه مضاعف به دانشگاه‌ها و دانشگاهیان: آیت الله خامنه‌ای به دلیل اهمیت ویژه‌ای که برای علم قائل‌اند، به همان نسبت نیز برای دانشجویان و دانشگاهیان، جایگاه ویژه‌ای قائل‌اند، به طوری که دیدار با دانشگاهیان و گوش دادن به سخنان و نظرات آنان به عنوان یکی از برنامه‌های سالیانه ایشان محسوب می‌شود. یکی از مهم‌ترین تأکیداتی که ایشان در خصوص دانشگاه‌ها داشته‌اند، لزوم اسلامی شدن محیط دانشگاه‌ها و همچنین موضوع آزاد اندیشی در محیط دانشگاه‌ها بوده است. در بیان آیت الله خامنه‌ای علم با دین، تلاش‌گری با اخلاق، تضارب افکار با سعه صدر، تنوع رشته‌ها با وحدت هدف، کار سیاسی با سلامت نفس، تعمق و ژرف نگری با سرعت عمل و خلاصه اینکه دنیا با آخرت همواره در دانشگاه‌ها باید باهم باشد (پیام به دانشجویان، ۱۳۷۵٫ ۰۷٫ ۰۳) از نظر ایشان دانشگاهی اسلامی است که در‌آن، علم یک ارزش حقیقی تلقی شود و افراد در‌ان برای کسب درامد، تحصیل نکنند (پرسش و پاسخ با دانشجویان در دانشگاه تهران، ۱۳۷۷٫ ۰۲٫ ۲۲). از منظر آیت الله خامنه‌ای، آزاداندیشی یعنی آزادانه فکر کردن، آزادانه تصمیم گرفتن، ترجمه‌ای، تقلیدی و براثر تلقین دنبال بلندگوهای تبلیغاتی غرب حرکت نکردن (بیانات، ۱۳۸۲٫ ۰۸٫ ۱۵) باید راه آزاداندیشی، نوآوری و تحول را بازگذاشت و این امر از سوی خود نخبگان و فعالان دانشجویی مدیریت شود تا به ساختارشکنی و شالوده شکنی و برهم زدن پایه‌های هویت ملی نینجامید.
باید دنبال حرف نو و پیدا کردن حرف نو و پیدا کردن حرف نو بود و در عین حال مراقب بود تا این حرف نو در جهت تخریب نباشد، بلکه در جهت ترمیم و تکمیل باشد (بیانات، ۱۳۸۵٫ ۰۸٫ ۱۸) یکی از راه‌های ضروری در این مسیر را ایجاد کرسی‌های آزاداندیشی در دانشگاه‌ها برای ایجاد محیط سالمی جهت میدان دادن به دانشجو برای اظهارنظر بیان می‌کنند (بیانات، ۱۳۸۸٫ ۰۶٫ ۰۸)
۸٫ لزوم همراهی علم با دین و اخلاق: آیت الله خامنه‌ای ضمن رد دیدگاه ناسازگاری علم گرایی با دین گرایی، معتقدند علت تفوق علمی مسلمین- که چند قرن بوده است- توجه اسلام به علم و دانش بوده است (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۱۱٫ ۱۵) با چنین دیدگاهی ایشان همیشه بر ضرورت همراه بودن پیشرفت‌های علمی با ارزشهای اخلاقی تأکید داشته‌اند ومعتقدند: علم باید با اخلاق و ایمان همراه شود تا ما نیز دچار معضلی که غرب با آن مواجه شد، نشویم؛ زیرا علم برای غرب وسیله ظلم، انحراف اخلاقی، و فرهنگ‌های گمراه کننده شد. (بیانات، ۱۳۸۵٫ ۰۶٫ ۲۵) از نظر ایشان اگر بشر به دانش‌های مختلفی دست پیدا کند، اما روابط صحیح انسانی را نشناسد، زورگویی بر زندگی مردم حاکم باشد، نور معرفت و انسانیت نباشد، دچار جهالت است (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۱۱٫ ۱۳) به نظر ایشان ایران اسلامی می‌خواهد هم عقلانی، منطقی و علمی و پیشرفته زندگی نماید و در عین حال متمسک به ارزشهای اخلاقی خود و پایبند به ایمان دینی خود نیز باشد (بیانات، ۱۳۸۹٫ ۰۱٫ ۰۹) یکی از مسائل مهمی که ایشان در سخنان خود در عرصه علمی شدن کشور تأکید ویژه‌ای بر آن دارند، لزوم تفاوت بین علمی شدن و غربی شدن است. ایشان به آن گونه از فراگیری علمی تأکید دارند که در خدمت انسانیت، عدالت و صلح و امنیت باشد، نه علمی که در خدمت جنگ، خشونت، فحشا، مواد مخدر، تجاوز به ملت‌ها، خون ریزی و جنگ باشد (بیانات، ۱۳۸۶٫ ۰۲٫ ۲۵).
۹٫ بهره‌مندی از فناوری هسته‌ای: یکی از مهم‌ترین تأکیدات آیت الله خامنه‌ای در جهت رشد علمی و فناوری کشورف ضرورت دستیابی، و بهره‌مندی از فناوری هسته‌ای بوده است و رشد علمی در این رشته را دارای مزایای بسیاری دانسته و معتقدند جوانان و متفکران با استعداد در کشور توانستند بدون کمک در طول چند سال، آرام آرام این فناوری را به دست آورند (بیانات، ۱۳۸۲٫ ۰۱٫ ۰۱). به نظر ایشان این فناوری در کشور از بین نمی‌رود و نباید از بین برود. چون آن را از کسی عاریه و وام نگرفته‌ایم و متخصصان هوشمند داخلی توانسته‌اند به آن دست پیدا کنند. این دانش ارزشمند را نه دولت، نه مسئولان، نه سازمان انرژی اتمی و نه هیچ فرد دیگری حق ندارد از دست بده دو روی ان معامله بکند. (بیانات ۱۳۸۲٫ ۰۸٫ ۱۱) رهبر انقلاب اسلامی همیشه در سخنان خود علاوه بر اینکه بر عدم توقف فعالیت‌های علمی در مسیر به دست آوردن فناوری هسته‌ای تأکید نموده‌اند، در عین حال توسعه بیشتر مطالعات در این راه را نیز خواستار شده‌اند. از جمله ایشان با اشاره به تولید سانتریفیوژهای نسل چهارم و پنجم در دنیا، بر ضرورت دستیابی ایران به چنین تکنولوژی‌هایی و حتی بالا‌تر از آن تأکید نموده‌اند (بیانات، ۱۳۸۵٫ ۰۳٫ ۲۵) ایشان تأخیر در دستیابی به دانش هسته‌ای را نادرست می‌دانند و معتقدند اگر امروز این دانش از سوی ملت ایران دنبال نشود، فردا دیر خواهد بود تا احیانا جوانان ما در نسل آینده با اتمام نفت، دستشان به طرف غربی‌ها دراز نباشد (بیانات، ۱۳۸۸٫ ۰۹٫ ۱۵).
ز- امور نظامی، دفاعی و انتظامی
آیت الله خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، نگاه راهبردی به امور نظامی و دفاعی داشته‌اند و با اتخاذ تدابیر و ارائه جهت گیری‌های اصلی در بازدید از مراکز و تأسیسات دفاعی و نظامی، ترغیب و پیگیری پیشرفت‌‌ها و دستاوردهای نظامی و دفاعی، اخلاق و معنویت نیروهای مسلح و بر تخصص همراه با تعهد و ایمان تأکید دارند (اصول…، ۳۸) ایشان علت تبلیغات مغرضانه دشمن در خصوص نظامیگری در جمهوری اسلامی ایران را در پایبندی نظامیان به ارزشهای اخلاقی، انقلابی و سرنوشت کشور می‌دانند (ارتش در…، ۱۹۰، ۱۹۶).
۱٫ ویژگی‌ها: ویژگی‌های نیروهای مسلح و انتظارات آیت الله خامنه‌ای در دوران رهبری از آنها بدین شرح بوده است:
الف) ترکیب نیروی ایمان و دانش نظامی و نظامیگری: آیت الله خامنه‌ای ناکامی دشمن در جنگ تحمیلی را در سایه سرمایه ارزشمند ایمان و معنویت رزمندگان اسلام می‌دانند و برای عامل ابزار جنگی در مقام مقایسه با آن نقش تعیین کننده‌ای قائل نیستند (ارتش: کلمه، ۴۰۵).
ب) تجلیل از رزمندگان اسلام: آیت الله خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل قوا به ملت ایران توصیه می‌کنند که از فداکاران دوران جنگ، کسانی که جان خود را در معرکه حق و باطل به گروگان گذاشتند قدردانی نموده و آنها را بزرگ بدارند. ایشان حماسه، شجاعت، قدرت صلابت و فتح رزمندگان را با هیچ بیانی قابل وصیف نمی‌دانند، زیرا از نگاه ایشان صحیفه دل و لوح ذهن پرخاطره و اراده پولادین آنها را که پیشرفته‌ترین سلاح‌های ابرقدرت‌ها در آن اثرگذار نبوده است، نمی‌شود به سادگی ترسیم کرد (پایگاه، بشـ).
ج) تقویت ارتش سپاه به عنوان دو بازوی نیرومند نظام جمهوری اسلامی: فرمانده کل قوا، با اشرافی که به مسائل نظامی دارند، ضمن مقایسه عملکرد ارتش جمهوری اسلامی ایران با قبل از انقلاب همواره در تقویت این دو نهاد کوشیده‌اند و به نقش مکمل آنها نسبت به همدیگر و به عنوان دو بازوی نیرومند نظام تأکید کرده‌اند (ارتش در، ۱۹۹، ۲۰۸) البته رهبر انقلاب اسلامی معتقد به مأموریت‌های متمایز آنها نیز هستند (حدیث، ۳۰۰٫ ۳-۳۰۱) براساس قانون اساسی مأموریت محوری سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، نگهبانی از انقلاب اسلامی و دستاودرهای آن و وظیفه ارتش جمهوری اسلامی ایران پاسداری از استقلال و تمامیت ارضی کشور می‌باشد.
د) نیروی دریایی: امروزه دریا و حمل و نقل دریایی از حیث اقتصادی و سهولت جابه جایی نسبت به حمل و نقل هوایی و زمینی مقرون به صرفه است. از بعد نظامی نیز نیروی دریایی در هر کشوری در کنار دیگر نیرو‌ها با انجام دادن مأموریت‌های نظامی در عملیات دفاعی و یا تهاجمی مشارکت می‌کند. آیت الله خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل قوا، همواره تقویت نیروهای مسلح به ویژه نیروی دریایی را جهت توانمندی بیشتر متذکر شده‌اند. از نگاه ایشان نیروی دریایی نیرویی راهبردی است که گستره فعالیت آن علاوه بر آب‌های داخلی به آب‌های آزاد و بین المللی نیز ارتباط پیدا می‌کند ایشان با اشاره به حساس بودن منطقه خلیج فارس، از این منطقه به عنوان محل قدرت نمایی اشتغالگران و قدرت طلبانی یاد نمودند که استقلال و حیثیت ملت‌ها برای آنها ارزشی نداشت (بیانات، ۱۳۷۰٫ ۱۰٫ ۱۲) با اشاره به عدم اهتمام ایران به امر دریانوردی در طول تاریخ، می‌گویند: تصرف دریاهای متعلق به ایران توسط نیروهای بیگانه سبب شد که بنادر ایران مدت‌ها در اشغال اجانب باشد (راهبرد حماسه…، ۷-۱۲) ایشان اولویت نیروی دریایی در دریاهای شمال و جنوب به ویژه خلیج فارس و دریایی عمان را در مجهز شدن به وسایل و تجهیزات مدرن بیان کردند. (همان، ۱۴) آیت الله خامنه‌ای با اشاره به نقش این نیرو در جنگ، این پرسش را مطرح کردند که در جنگ‌ها و حملات فرامنطقه‌ای جایگاه نیروی دریایی جمهوری اسلامی ایران کجاست؟ (همان، ۲۰-۲۱) در ۱۹ اسفند ۱۳۸۶، در دیدار فرمانده نیروی دریایی ارتش با گوشزد نمودن حساسیت کار این نیرو، مسئولیت کار در دریای عمان را فرصتی برای این نیرو دانستند و حضور گسترده دشمن در اقیانوس هند را از دشواری‌ها و دلیل با اهمیت بودن کار در این منطقه برشمردند. به تعبیر ایشان جنگ در خلیج فارس جنگ در داخل خانه است در حالی که در دریای عمان در بیرون خانه (همان، ۲۳-۲۵) در ۶ آذر ۱۳۸۷، در دیدار مسئولان نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران با اشاره به محدودیت امکانات و فرسایش برخی از آنها، صرفه جویی و اولویت بندی را سبب افزایش توان رزمی ارزیابی نمودند. آیت الله خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل قوا از ساحل عظیم، طولانی و بسیار حساس دریای عمان به مثابه گنجی کشف نشده نام بردند (همان، ۲۷، ۳۴، ۳۶). ایشان یکی از دلایل جنجال آفرینی بر ضد نظام اسلامی را موفقیت‌های آن در تحولات منطقه برشمرده و سواحل گسترده کشور به ویژه دریای عمان و عقبه آن در منطقه مکران را ثروت عظیم ملی توصیف نمودند (بیانات، ۱۳۹۱٫ ۰۹٫ ۰۷).
هـ) انتظارات از نیروهای مسلح: تهذیب نفس، معنویت افزایی در کنار مجاهدت و تقویت پایه‌های علمی و نظامی و الگوی یک مسلمان نیک اندیش و مومن بودن، مجهز شدن به فناوری روز، و تلاش در فتح میدان‌های وسیع از جمله انتظاراتی است که فرمانده کل قوا از نیروهای مسلح دارند. ایشان از پرسنل نیروهای مسلح می‌خواهند از حیث معنوی و دینی خودشان را پا به پای مایه‌های علمی و رزمی تقویت نموده و الگوی یک مسلمان پاک، مومن، نیک اندیش، خوش رفتار و دارای معرفت باشند. (ارتش، کلمه…، ۸۷) ایشان برخورداری از روح سازندگی و در کنار ان مجهز شدن به فناوری روز را به همت جوانان متفکر و دست‌های ماهر لازمه نیروهای مسلح ارزیابی نمودند (ارتش در، ۶۳-۶۴). در ۶ اذر ۱۳۸۷ در دیدار جمعی از فرماندهان نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران، مأموریت‌های این نیرو را پیچیده و آبی- خاکی توصیف نموده و از فرماندهان خواستند با برآورد امکانات و تجهیزات، آنها را عملیاتی و به روز نمایند (راهبرد حماسه، ۲۹، ۳۲-۳۳).
و) اقتدار نیروهای مسلح، راز ماندگاری: اقتدار و آمادگی نیروهای مسلح در دفاع از تمامیت ارضی نظام اسلامی و حفظ ارزش‌ها، نقش مهمی دارند آیت الله خامنه‌ای در این خصوص، آمادگی نیروهای مسلح را حائز اهمیت دانسته، و به پیشگام بودن نیروهای مسلح در دوران بازسازی و صلح همانند دوران جنگ تأکید کردند و حفظ آمادگی رزمی را اولویت نخست این نیرو‌ها و نوسازی در درون ان را اولویت نخست این نیرو‌ها و نوسازی در درون آن را اولویت بعدی برشمردند (پایگاه، بشـ) و کارکنان این نیرو را به حفظ آمادگی و انسجام، به تحول سازمانی و به از دست ندادن احساس مسئولیت توصیه نمودند (حدیث، ۲۲۶٫ ۶-۲۲۹) آیت الله خامنه‌ای بازماندن از وظیفه اصلی را از آفت‌های نیروهای مسلح در زمان صلح قلمداد نموده، و به آنها توصیه کردند که اگر سال‌ها هم جنگی اتفاق نیفتد، باید با جان اماده باشند تا ملت ایران احساس کند مدافعان میهن همیشه آماده جانفشانی‌اند. از نگاه ایشان، اقدامات بازدارنده نیروهای مسلح، ایستادگی در برابر کسانی است که با آرزو‌ها و اهداف بزرگ ملتی سر ستیز دارند (ارتش: کلمه، ۳۰۴-۳۰۵) در ۲۶ مهر ۱۳۷۷، در رد به خاموشی گراییدن شمع فروزان معنویت در دل‌ها پس از جنگ گفتند: عده‌ای از جوانان پاک و مومن با شنیدن قضیه ختم جنگ، عزا گرفتند و فکر کردند درهای شهادت و درهای معنویت بسته شد.
البته جهاد یکی از درهای بهشت است. ثانیا، جهاد در میدان جنگ یکی از روش‌های جهاد است (پایگاه، بشـ) به نظر رهبر انقلاب امنیت مرز‌ها مسئله مهمی اتس که نظام اسلامی باید در مرزهای خود اقتدار کامل و تدبیر مناسبی را اعمال کند، زیرا این مرز‌ها مرزهای اسلامی و انقلاب اسلامی است و باید مستحکم باشد (ارتش: کلمه، ۳۵۱، ۳۵۴).
۲٫ اقدامات: اقدامات مهم آیت الله خامنه‌ای در امور دفاعی و نظامی را بدین شرح می‌توان بیان کرد:
الف) ادغام کمیته‌های انقلاب اسلامی، شهربانی جمهوری اسلامی ایران و ژاندارمری جمهوری اسلامی ایران و تشکیل نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران: هدف از این کار عدم تداخل وظایف، وحدت نظر و عمل نیروهای انتظامی، برقراری امنیت در داخل و مرز‌ها و صرفه جویی در هزینه عنوان شده بود. طرح ادغام پس از تصویب در مجلس شورای اسلامی و تأیید شورای نگهبان با تأیید فرمانده کل قوا به مرحله عملیاتی رسید. ایت الله خامنه‌ای بر این باورند که وجود این نیرو باید احساس امنیت را در نگاه بیننده، و تأمین شأنی برای ان نیرو باشد (پایگاه، بشـ).
ب) تشکیلات جدید سپاه پاسداران انقلاب اسلامی: ایت الله خامنه‌ای در کنار حمایت از نیروهای نظامی و انتظامی، جایگاه ویژه‌ای برای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی قائل‌اند و آن را مولود انقلاب می‌دانند (حدیث، ۳٫ ۳) به نظر ایشان، بار سنگین مجاهدت سالهای دشوار جنگ بر دوش این نهاد انقلابی بوده که نیرو‌هایش برخوردار از موهبت الهی و معنوی کم نظیر است. موهبت دیگر این نیرو نعمت جهاد است که فضیلت جهاد مسلحانه با دیگر فضایل غیرقابل قیاس می‌باشد (بیانات، ۱۳۷۲٫ ۰۶٫ ۲۵).
ج) رزمایش‌ها: اهداف برگزاری رزمایش‌ها عبارتند از: نشان دادن اقتدار نیروهای مسلح، قدرت بازدارندگی آن در برابر تهدید‌ها و حفظ آمادگی نیرو‌ها، آیت الله خامنه‌ای در ۲۵ خرداد ۱۳۷۴، در رزمایش عاشورای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی خطاب به جهانیان اعلام نمودند که ایران اهل تهاجم، فساد، ظلم و بی‌عدالتی نیست. در عین حال تصریح کردند که این ملت اهل تسلیم هم نیست و تهدید نظامی، اتمی و سایر تهدید‌ها در چنین ملتی تأثیر ندارد (بیانات، ۱۳۷۴٫ ۰۳٫ ۲۵) در ۳ خرداد ۱۳۷۵، در دیدار دست اندرکاران شرکت کننده در رزمایش بزرگ ولایت آن را حرکتی انقلابی، امیدبخش و کاری مهم در جهت کیفیت بخشی به نیروهای مسلح ارزیابی نموده، و اظهار امیدواری کردند که نتایج آن نیز برای نیروهای مسلح پرثمر و ماندگار باشد.
از منظر ایشان نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران تهدیدی برای ملت‌ها و کشور‌ها به حساب نمی‌آیند، بلکه تنها اب متجاوز مقابله به مثل خواهند نمود (بیانات، ۱۳۷۵٫ ۰۳٫ ۰۳) در ۵ مهر ۱۳۷۶، در رزمایش ذوالفقار، قدرت نظامی را برای کشوری که مورد تهدید قدرت‌ها قرار می‌گیرد، از اوجب واجبات دانستند. ایشان مردمی بودن و برخوردار بودن از قدرت نظامی مردمی، خودکفایی و کارآمدی را لازمه نظام‌های سیاسی دانستند (ارتش: کلمه، ۲۸۷-۲۸۸).
د) تأسیس ستاد فرماندهی کل قوا و تغییر برخی عناوین سازمانی: در اوایل پیروزی انقلاب اسلامی، امام خمینی سمت فرماندهی کل قوا را خود عهده دار بودند، ولی بعد‌ها به دلیل کثرت مسئولیت‌ها و کسالتی که برایشان عارض گردد، دستور تشکیل ستاد فرماندهی کل قوا را صادر نمودند. در اواخر جنگ برای هماهنگی بیشتر در نیروهای مسلح و جهت حمایت دولت، ستاد کل نیروهای مسلح شکل گرفت: سیاست گذاری، هدایت و نظارت بر نیروهای مسلح از وظایف این ستاد می‌باشد (فرهنگ نامه…، ۱۷۰-۱۷۱).
آیت الله خامنه‌ای در ۲۱ اسفند ۱۳۶۸ به عنوان فرمانده کل قوا در این خصوص در دیدار مدیران ستاد فرماندهی کل قوا، یکی از مقاصد عمده تأسیس این ستاد را هماهنگی بین سپاه و ارتش و مأموریت دیگر آن را هدایت عمومی نیروهای مسلح ذکر نمودند. ایشان این ستاد را از لحاظ سلسله مراتب بر‌تر و فرا‌تر از ستادهای این دو سازمان نظامی، و از حیث مأموریتی نیز کاملا متفاوت ارزیابی نمودند (حدیث، ۳۰۰٫ ۳-۳۰۳) این ستاد به عنوان بالا‌ترین مرجع نظامی نیروهای مسلح در اواخر جنگ تحمیلی تأسیس شد. آیت الله خامنه‌ای در ۲۱ دی ۱۳۶۹ در دیدار فرماندهان عالی رتبه نظامی و انتظامی، فرماندهی را محور اصلی نیروهای مسلح و امری معنوی قلمداد نمودند (همان، ۱۵۸٫ ۶-۱۵۹) در ۲۵ دی ۱۳۷۰ با صدور فرمانی به سرلشکر سید حسن فیروزآبادی و سرلشکر محسن رضایی، عناوین ستاد فرماندهی کل قوا و ستاد کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را به ترتیب به ستاد کل نیروهای مسلح و ستاد مشترک سپاه پاسداران انقلاب اسلامی تغییر نام دادند (انتصاب‌ها، ۱۳۷۰٫ ۱۰٫ ۲۵).
هـ) آموزش نظامی: کارامدی نیروهای مسلح تابعی از کارامدی آموزش و دوره‌های آموزشی است. عنایت به مراکز و محتوای آموزشی ان‌ها و آگاهی از میزان اثربخشی آن یکی از مهم‌ترین وظایف و دغدغه‌های فرماندهان و مسئولان عالی رتبه نظامی است. فرمانده کل قوا، جنگ را میدان تجربه و محلی برای قوی‌تر شدن دانسته‌اند که از روز به روز و ساعت به ساعت آن باید درس گرفته شود. ایشان به تدوین متون آموزشی براساس عملیات نظامی تأکید دارند (بیانات، ۱۳۶۸٫ ۰۷٫ ۱۳) در ۲۸ آبان ۱۳۶۹ در دفتر یادبود دانشگاه هوایی ۳ نکته را به عنوان پشتوانه حقیقی پیشرفت و راز پیروزی به استادان این دانشگاه متذکر شدند: تداوم حرکت، اهمیت دادن به کیفیت و پرداختن به تقوای خود و دانشجویان (حدیث، ۳۱۲٫ ۵) در ۱۸ بهمن ۱۳۶۹ هنگام دیدار کارکنان نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران، تداوم آموزش کیفی با سازمان دهی منظم را به آنان توصیه کردند و مقوله دفاع از وظیفه‌ای عقلی- اسلامی و انسانی ارزیابی نموده، و به غافل از کید دشمنان به کمین نشسته، تأکید ورزیدند (ارتش در، ۳۱-۳۲) در ۸ آبان ۱۳۷۰، طی سخنانی در دانشگاه افسری، این دانشگاه را مزرعه امید بخشی معرفی نمودند که نهال‌های مستعد باید در فضای مناسب ان رشد نموده و به بالندگی برسند. (حدیث، ۱۸۹٫ ۸) در ۲۱ آبان ۱۳۷۶، در دیدار فرماندهان و دانشجویان این دانشگاه، علت تعلق خاطرنشان به مرکز این چنینی را التقای ۳ نقطه اساسی جنبه‌های علمی، سربازی و دلیری در راه دفاع و معنویت و قداست و نورانیت توصیف نمودند (ارتش: کلمه، ۲۹۳-۲۹۴) در ۱۳ اردیبهشت ۱۳۸۰، در دیدار فرماندهان و کارکنان نیروهای مسلح استان گیلان، بالا بردن کارایی را با شیوه‌های مختلف از جمله با علمی نمودن شیوه‌ها و با ارتقا بخشیدن به تجربه‌ها از وظایف مهم نیروهای مسلح برشمرده، و به اموزشگاه‌های منطقه چهارم دریایی ارتش و بخشهای اموزشی سپاه گوشزد نمودند که هرگز به وضع موجود قناعت نکنند و مدام در تقویت انگیزه‌ها، معنویت‌ها، ایمان‌ها و توانایی‌های علمی کوشا باشند (همان، ۳۷۴).
و) ایجاد فرماندهی کل ارتش: فرماندهی ارتش جمهوری اسلامی ایران بر نیروهای سه گانه ارتش فرماندهی دارد این مقام در شهریور ۱۳۷۷ از سوی ایت الله خامنه‌ای ایجاد شد و قبل از ان فرماندهی کل قوا ضمن عزل و نصب فرماندهان نیروهای سه گانه، وظیفه هماهنگی و فرماندهی ۳ قوه را نیز برعهده داشت. علت اقدام به ایجاد فرماندهی ارتش از سوی آیت الله خامنه‌ای فرماندهی متمرکز و مستقل ارتش و ارتقای جایگاه و نقش آن نیرو بود. پیش از این، بعد از فرماندهی کل قوا، رئیس ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی ایران عالیترین مقام رسمی ارتش بود. نخستین فرمانده ارتش سرلشکر علی شهبازی بود که در خرداد ۱۳۷۹ جای خود را به سرلشکر محمد سلیمی داد و در شهریور ۱۳۸۴ نیز سرلشکر عطاءالله صالحی این مقام را برعهده گرفت.
ح- امور حقوقی و قضایی
براساس اصل ۱۱۰ قانون اساسی مصوب ۱۳۶۸ ش نصب و عزل و قبول استعفای رئیس قوه قضائیه برعهده مقام معظم رهبری و عفو یا تخفیف مجازات محکومان نیز در صلاحیت این مقام است. رهبر معظم انقلاب اسلامی در آغاز دوره رهبری، اصول و محورهای اساسی جهت بهبود نظام قضایی کشور را تعیین، و با ارائه رهنمودهای لازم آن را تبیین کردند. اجرای حدود الهی، اقامه قسط و عدل، مبارزه با ظلم و ناحق، اصلاح و استقلال قوه قضائیه و قضات، قانون گرایی، حق محوری، اولویت بندی در پیگیری مسائل، مبارزه با فساد مالی و اداری و همچنین ارتشاء و تزویر، دخالت ندادن گرایش سیاسی در امر قضا، ایجاد احساس امنیت و آرامش در مردم، قاطعیت در عمل و اطلاع رسانی و تبلیغات را به عنوان اصول و محورهای اساسی این قوه برشمرده، و در مناسبت‌های گوناگون، ابعاد آنها را برای مسئولان قضایی تشریح و تبیین کردند (بیانات، ۱۳۶۸٫ ۰۴٫ ۰۷؛ همان، ۱۳۶۹٫ ۰۴٫ ۰۴؛ همان، ۱۳۷۰٫ ۰۴٫ ۰۵؛ همان، ۱۳۷۴٫ ۰۴٫ ۰۷؛ همان، ۱۴۸۱٫ ۰۴٫ ۰۵؛ همان، ۱۳۸۲٫ ۰۴٫ ۰۷؛ همان، ۱۳۸۳٫ ۰۴٫ ۰۷) آیت الله خامنه‌ای معتقدند که قوه قضائیه معیار سلامت جامعه است و اگر این قوه سالم باشد که قوه قضائیه معیار سلامت جامعه است و اگر این قوه سالم باشد، به مرور زمان تمامی دستگاه‌های کشور و جامعه اسلامی اصلاح می‌شود (بیانات، ۱۳۶۸٫ ۰۴٫ ۰۷).
از بنیادی‌ترین وظایف حکومت اسلامی، تحقق عدالت است. براساس شرایع اسلام، مجریان نظم و عدالت به همان اندازه وجودشان برای جامعه حیاتی است که نظم، عدل و داد، از این رو، در جمهوری اسلامی ایران، ولی فقیه که جانشین معصوم در عصر غیبت است، به رئیس دستگاه قضاء تفویض اختیار نموده و اجازه انتخاب قضات را به او می‌دهد. انتصاب‌ها، تدابیر ابلاغه‌ها، تدابیر و رهنمود‌ها، بیانات و پیام‌های ایشان به اختصار بدین شرح بوده است:
برخورد با ظالم: این موضوع از وظایف ذاتی و اولیه دستگاه قضایی می‌باشد. آیت الله خامنه‌ای مبارزه با جرم، تخلف و تجاوز به حقوق دیگران را در گرو کار مقبول این قوه در احقاق حق می‌دانند ایشان خوب عمل نکردن دستگاه قضایی را موجب آلوده شدن آن و سایر دستگاه‌ها و جامعه به فساد بیان کرده‌اند. ایشان توقع نظام اسلامی و ملت ایران از دستگاه قضایی را امیدواری مظلوم به احقاق حق خود از رهگذر مراجعه به این دستگاه و اطمینان حاصل نمودن ظالم از دست پولادین و پنجه بی‌اغماض دستگاه قضایی که هر لحظه گریبانش را خواهد گرفت، دانست (همان، ۱۳۷۳٫ ۰۴٫ ۰۶) در ۷ تیر ۱۳۷۴، در دیدار رئیس، مسئولان و قضات قوه قضائیه شأن این قوه را، شأن تصحیح، اصلاح و مبارزه با ظلم توصیف نمودند (بیانات). در ۷ تیر ۱۳۷۸، در دیدار مسئولان قوه قضائیه، این قوه را مستعد مقابله همه جانبه با ظلم دانسته و اسلامی کردن آن را به مسئولان گوشزد کردند (بیانات).
در ۷ تیر ۱۳۷۹، در دیدار مسئولان قضایی و خانواده شهدای هفتم تیرنظارت پیشگیری از جرم، تامین عدالت و امنیت را از سرفصل‌های مهم وظایف قوه قضاییه برای اداره مطلوب کشور برشرمده، و سنگینی ضربه‌های خصمانه دشمن بر پیکره انقلاب را موجب بالا رفتن جوشش ایمان، صلابت، صبر و استقامت مردم ارزیابی نمودند (بیانات). در ۷ تیر۱۳۸۴، در دیدار مسئولان قضایی؛ عبور مقتدارنه نظام از حوادث تلخ و نیز توطئه‌های سنگین سیاسی، نظامی، اقتصادی و فرهنگی دشمن را مبین ریشه‌های سالم و عیمق شجره طیبه انقلاب انقلاب اسلامی برشمرده، و حرکت‌های تاریخی را با ریزش‌هایی مواجه دانستند که در صورت سالم بودن ریشه‌ها و اصول این حرکت‌ها، در کنارریزش‌ها، رویش‌های با طراوت نزی وجود خواهد داشت (بیانات)
۲٫ سپردن امر قضا به افراد با صلاحیت: رهبر انقلاب اسلامی ارزشهای مشخصی را در دادن مسئولیت به افراد موثر می‌دانند و تاکید می‌نمایند که همه کس را نمی‌شود بر هر کاری گمشت. باید افرادی که به مسئولیت‌ها و ماموریت‌های اجتماعی گماشته می‌شوند، صلاحیت و قابلیت‌هایی داشته باشند (خاطرات و حکایت‌ها، ۱/۵۶-۵۷) در ۵ تیر ۱۳۷۰، در دیدار رئیس و مسئولان قضایی، از جامعه قضات به عنوان مجموعه‌ای وزین، برخوردار از وزانتهای علمی، اخلاقی و تقوایی یاد نموده، حرکت به سوی کمال را با رعایت کاملضوابط و موازین اسلامی در تامین عدالت که عدم تبعیض در شمول قانون کشور و قوانین قضایی از عمده‌ترین آنهاست، خواستار شدند (حدیث، ۷ / ۱۷۴-۱۷۵) در ۷ تیر ۱۳۷۶، در دیدار مسئولان قضایی، از قوه قضاییه به عنوان تضمین کننده اعمال قانون و ضابطه اجرای عدالت نام برده و نقش آن را در جلوگیری از شکل‌گیری طبقه‌ای جدید و برخورداراز ثروت‌های بادآورده، مهم ارزیابی نموده، و معمار دستگاه قضایی، شهید بهشتی را شخصیتی کم‌نظیر و جمع بین علم، تقوا، تدبیر و خلقیات ارزشمند اسناین معرفی کردند (بیانات، ۷ / ۴ /۱۳۷۶).
در ۷ تیر ۱۳۷۷، در دیدار دست‌اندرکاران دستگاه قضایی، از این دستگاه به عنوان دستگاه کارآمدنظام، ضامن امنیت، عدالت و اجرای قانون یاد نموده و تضعیف آ نرا جایز ندانستند (پایگاه، بشـ). در ۵ تیر ۱۳۸۱ در دیار جمعی از قضات، ویژگی‌های یک قضای را مواجهه با جرم؛ آگاهی، هوشمندی، منطق، استدلال و شجاعت ذکر نموده، و فرمودند که حک م قاضی باید به گونه‌ای مستدل و محکم صادر شود ک هدر همه سطوح قابل دفاع باشد (بیانات). در ۷ تیر ۱۳۸۳، در دیار مسئولان قضایی، بار دیگر بر ایجاد عدالت و احقاق حق تاکید نموده و توصیه کردند دستگاه قضای بدون تاثیرپذیری از ثروت، قدرت دیوان سالاری، جوسازی و تهمت، تحقق کامل عدالت را پیگیری نماید (بیانات). در ۷ تیر ۱۳۸۶، در دیدار رئیس، مسئولان و کارکنان دستگاه قضایی، استقرار امنیت همه جانبه، برخورد قاطع و عبرتآموز با متجاوزان به قانون، اجرای عدالت، احقاق حق، قانون گرایی و ایستادگی در برابرزورگویان و فرصت‌طلبان را از مهم‌ترین وظایف این دستگاه برشمرده، و لازمه امنیت اقتصادی را با مقابله جدی با مفسدان اقتصادی ذکر نمودند و در مخالفت با اندیشه عدم برخورد با این مفسدان به بهانه بروز ناامنی اقتصادی در جامعه، برخورد با مفسدان اقتصادی را زمینه ساز فعالیت اقتصادی همراه با امنیت فعالان سالم اقتصادی به حساب آوردند (بیانات).
در۷ تیر ۱۳۸۹٫ در دیدار رئیس و مسئولان قوه قضاییه، از این قوه ب عنوان یکی از بخشهای بسیار حساس نظام اسلامی نام برده، و خارج نشدن از جاده عدل و انصاف و تاثیرناپذیری از جوسازی‌های سیاسی و حب و بغض‌ها در قضاوت و صدور احکام را از اهم وظایف این دستگاه بر شمردند (بیانات)
۳٫ اجرای عدالت با معیارهای اسلامی: از اساسی‌ترین لوازم دوام و بقای هر حکومتی، اجرای عدالت است. این موضوع در جمهوری اسلامی ایران که اساس شکل‌گیری آن اموزه‌های دینی است. از اهمیت مضاعفی برخوردار است. در این راستا ایت الله خامنه‌ای از مسئولان قضایی خواسته‌اند که سلامت ارکان و اتقان احکام وسرعت و سهولت در اجرای عدالت را تضمین کنند که از نظر ایشان این امور بسیار مهم، در تحقق عدالت قضایی تعیین کننده محسوب می‌ش. ند (پایگاه، بشـ)
در ۷ تیر۱۳۶۸ در مراسم بیعت خانواده‌های شهدای هفتم تیر و مسئولان قضایی، ایت ا لله خامنه‌ای قوه قضاییه را ملاک و معیار جامعه، ملجأ و مأمن مردم دانسته، و اصلاح سایر دستگاه‌های کشور و جامعه را منوط به عملکرد مطلوب آن دانستند (حدیث ۱/۱۵۰، ۱۵۲-۱۵۳) در ۴ تیر ۱۳۶۹ در دیدار رئیس و مسئولان قوه قضاییه، طی بیاناتی به مخاطبان گوشزد نمودند که دستگاه قضایی حضرت علی (ع) را الگو قرار دهند. ایشان سرعت عمل و اتقان در رسیدگی به پرونده‌ها را دو عنصر مهم دستگاه قضای دانستند (همان، ۴ / ۳۱۲ -۳۱۳، ۳۱۶) در ۷ نیر ۱۳۸۲، در دیدار مسئولان قوه قضاییه و قضات، به آنان توصیه نمودند که با اعتماد به نفس و رعایت ضوابط وموازین و با قدرت و قاطعیت کار‌ها ار دنبال نمایند (بیانات). در ۱ فروردین ۱۳۸۲، در دیدار رئیس و مسئولان دستگاه قضایی با تاکیدبر تقویت اقتدار و هوشمندی این قوه، وجود یک دستگاه قضایی قدرتمند و بی‌عیب ونقض را تضمین کننده سلامت جامعه توصیف نموده و دستگاه قضایی ضعیف و ناسالم را عامل سقوط جامعه دانستند (بیانات). در ۵ تیر ۱۳۸۷ در دیدار مسئولان قضایی، پیشرفت به سوی نقطه مطلوب، تلاش در کاهش مدت زمان دادرسی، اتقان احکام و به حداقل رساندن نقص آنها را از اولویت‌های کاری دستگاه قضایی بشمرده، سیاست حبس‌زدایی را از کارهی خوب تلقی نموده، در عین حال، وجود زندان را واقعیتی که با مدیریت صحیح می‌تواند به آموزشگاه نیکی تبدیل شود. دانستند (بیانات)
۴٫ انتصاب‌ها: انتصاب‌ها در قوه قضاییه در دو بخش انجام می‌گیرد:
الف. انتصاب روسای قوه: آیت الله خامنه‌ای در ۲۴ مرداد ۱۳۶۸، آیت الله محمد یزدی را طی حکمی به ریاست قوه قضاییه منصوب نمودند. در بخشی از حکم از او خواسته‌اند با اعمال قاطعیت و ابتکار، دستگاه قضایی را به شکل کاملا اسلامی و برخوردار از عدالت و انصاف کامل سازماندهی کند و در راستای پیشبرد اموراز عناصر مومن، عالم و متعهد داخل و خارج از دستگاه قضایی استفاده نماید (انتصاب‌ها، ۲۴/۵/۱۳۶۸)
ایت الله خامنه‌ای در ۲۳ مرداد ۱۳۷۳، مجدداً آیت الله یزدی را برای یک دوره پنج ساله دیگر به ریاست این قوه منصوب نمودند. در حکم انتصاب وی به جذب عناصر برجسته، کارآمد و انقلابی و به طرد عناصر فرصت طلب، بی‌مبالات و بی‌بصیرت، و به کاراندازی روش نظارت، و تعالی بخشیدن به کیفیت علمی و عملی قضا تاکید شده است (انتصاب‌ها، ۲۳/۵/۱۳۷۳)
رهبر انقلاب اسلامی در ۲۳ مرداد ۱۳۷۸، آیت الله سیدمحمود شاهرودی را به ریاست قوه قضاییه منصوب نمودند. در بخشی از حکم آمده است که سلامت، قدرت و قاطعیت‌ای ندستگاه موجب سلامت همه دستگاه‌های کشوردر نظام اسلامی و مایه گسترش امنیت و عدالت در زندگی همه مردم می‌گردد (انتصاب‌ها، ۲۳ /۵/۱۳۷۳)
در تاریخ ۲۳ مرداد ۱۳۸۳ مجدداً آیت الله شاهرودی را برای یک دوره پنج ساله دیگر به ریاست این قوه منصوب نمودند. به سان حکم قبلی در این حکم نیز به تشکیلات، زمان‌بندی و اجرایی نمودن برنامه مدون و پرورش عناصر کارآمد و مومن تاکید شده است (انتصاب‌ها، ۲۳ /۵/۱۳۸۳)
در ۲۴ مرداد ۱۳۸۸، آیت الله صادق آملی لاریجانی را به ریاست قوه قضاییه منصوب نمودند. در حکم وی اظهار امیدواری شده است که با توجه به فراهم آمدن بسیاری از زیرساخت‌های لازم، دوران شکوفایی این قوه محقق شود (انتصاب‌ها، ۲۴/۵/۱۳۸۸)
ب. انتصاب سایر مسئولان قضایی: در ۱۳ دی ۱۳۶۸، رهبر انقلاب اسلامی پس از استعفای علی فاحیان از سمت دادستانی دادگاه ویژه روحانیت، طی حکمی حجت الاسلام و المسلمین محمد محمدی ری شهر را به این سمت منصوب کردند. در حکم انتصاب وی با توجه به نقش علمای دینی در هدایت مردم و قوام امور کشور، تاکید شده سات که نسبت به تخلفات و کج رویی‌هایی که ممکن است از برخی از عناصر روحانی‌نما صارد شود، حساسیت و اهتمام نشان دا ده شود و با متخلفین برخوردی قاطع و منطبق با احکام اسلامی انجام گیرد (حدیث ۳/۱۱۳)
در ۹ بهمن ۱۳۶۹، حجج اسلام جعفر منتظری و کاظم صدیقی و حسین دادگر ماموریت یافتند که از دستگاه قضایی کشور بازرسی به عمل آورند و گزارش خود را به رهبر انقلاب اسلامی تقدیم کند (همان، ۶ /۱۹۵)
در ۲۵ آذر۱۳۷۷ حجت الاسلام و المسلمین محسنی‌اژه‌ای را به ریاست دادگاه ویژه روحانیت منصوب نمودند. در حکم انتصاب وی اظهار امیدواری شده است که مجموعه دادستانی از کیان و قداست روحانیت و حوزه‌های علمیه دفاع نموده وشان والای روحانیت آگاه و دلسوز را از دستبرد بدخواهان حفظ نماید (انتصاب‌ها، ۲۵ /۹/ ۱۳۷۷)
در پی استعفای حجت الاسلام محسنی‌اژه‌ای از ریاست دادستانی دادگاه ویژه روحانیت، حجت الاسلام محمد سلیمی را به این سمت منصوب نمودند. در بخشی ازحکم مشارالیه به رعایت موازین اسلام یو دقت کامل در اجرای قانون و ممانعت از افراط و تفریط در پیگیری و صدور احکام قضایی تاکید شده است (نرم افزار…، بشـ)
آیت الله خامنه‌ای همواره ارتقای قوه قضاییه را از جهت نظری و عملی خواستار بوده و برای این کار تدوین برنامه جامعی را در زمانی کوتاه ضروری می‌دانند. از دیگر دغدغه‌های ایشا ناتقان احکام قضایی از لحاظ فقهی بوده است؛ تا اگر احکام قضایی در معرض داوری فقها قرار گیرد، قاضی صادر کننده حکم نگرانی نداشته باشد. اقتدار قوه قضاییه وافزایش اعتماد عمومی جامعه به عملکرد آن از دیگر خواسته‌ها و انتظارات رهبر انقلاب اسلامی می‌باشد.
